关于合同被法院判决无效时诉讼时效如何确定的问题，这确实是一个在司法实践中较为复杂且存在一定争议的话题。以下我将从法律规定、理论观点及实践处理三个层面，为您详细阐述这一问题。
一、法律规定与基本原则
《民法典》的相关规定：
- 根据《民法典》第一百五十三条、第一百四十三条等条款，无效合同是指因违反法律、行政法规的强制性规定或违背公序良俗而自始无效的合同。法律并未直接规定确认合同无效的诉讼时效，但明确了无效合同的本质特征。
- 诉讼时效一般适用于请求权，如债权请求权，而确认合同无效属于形成权范畴，其行使并不直接依赖于请求权的实现，因此理论上不受诉讼时效的限制。
相关司法解释：
- 虽然部分司法解释（如原《合同法解释二》第29条）曾提及“撤销权”的除斥期间，但无效合同与可撤销合同性质不同，不能直接类推适用。撤销权主要针对的是因意思表示不真实而可撤销的合同，其行使受到除斥期间的限制，而无效合同则因其自始无效的特性，不受此限制。
二、理论争议与实践分歧
肯定说（支持诉讼时效适用）：
- 理由：若长期不主张合同无效，可能导致证据灭失、法律关系长期处于不稳定状态。因此，需要通过时效制度来督促权利人及时行使权利。
- 实践案例：在某些特定情况下，如合同已履行多年且双方均无异议，若一方突然主张合同无效，法院可能会考虑权利滥用或不当迟延的因素，间接体现时效的考量。
否定说（不支持诉讼时效适用）：
- 主流观点：无效合同自始无效，不因时间的经过而合法化。无论经过多久，只要合同存在无效情形，就应当被认定为无效。
- 类比：刑事犯罪的追诉时效不影响犯罪行为本身的违法性，同理，民事合同无效亦不应受时效约束。例如，非法集资合同无论经过多久均属无效，允许时效抗辩将违背公共利益保护原则。
折中说（区分情形适用）：
- 部分观点认为，若无效事由涉及第三人利益或公共利益（如恶意串通损害他人权益），则不适用时效；若仅涉及当事人私益（如显失公平），则可参照可撤销合同的除斥期间处理。但这种观点在司法实践中并未得到广泛认可。
三、司法实践中的处理方式
法院裁判倾向：
- 最高人民法院在相关案例中明确指出：“确认合同无效之诉不适用诉讼时效制度”。但法院在审理案件时，会结合具体案情审查是否存在“权利滥用”或“不正当迟延”的情况。
- 例如，若当事人在明知合同无效的情况下长期履行并从中获利，法院可能会以诚信原则为由拒绝支持其无效主张。
特殊情形的处理：
- 合同履行完毕后的无效主张：若合同已履行多年且无返还可能性（如标的物灭失），法院可能会以“维持现状”为由驳回无效请求。
- 第三人利益保护：若合同无效影响善意第三人权益（如已办理过户登记的买受人），法院可能会优先保护交易安全，拒绝确认合同无效。
四、实务建议
及时主张权利：
- 尽管法律未明确规定确认合同无效的诉讼时效，但为避免举证困难或不利后果，建议您在发现合同无效事由后尽快提起诉讼。
保留关键证据：
- 如合同文本、付款凭证、沟通记录等，尤其是证明对方存在过错或恶意的证据（如欺诈、胁迫），这些证据在诉讼中至关重要。
关注政策变化：
- 某些领域的合同效力认定可能随法律法规更新而变化（如金融监管政策调整），因此您需要动态评估法律风险，及时调整策略。
总结
确认合同无效的诉讼时效在法律上并无明确规定，理论上倾向于不受时效限制。但司法实践中，法院会综合考量诚实信用、交易安全等因素，对当事人的诉求进行审查。因此，建议您在发现合同无效事由后及时行使权利，避免因不当迟延导致诉求受阻。同时，保留好关键证据并关注政策变化，以更好地维护自己的合法权益。