还款协议约定一年还款期，一年未还，过两年后协议是否仍然有效，需分情况讨论：
诉讼时效角度：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。
- 在还款协议中，若约定一年还款期，一年后债务人未还款，则从此时起，债权人应当知道其权利受到损害，诉讼时效开始计算。因此，过两年后，即从约定还款日起算三年内，债权人仍有权向法院提起诉讼，要求债务人还款。此时，还款协议在法律上仍然有效，债权人可以依据协议主张权利。
- 但若超过三年诉讼时效期间，债权人再向法院提起诉讼，债务人提出诉讼时效抗辩的，法院将不再保护债权人的权利，即债权人可能丧失胜诉权。不过，这并不意味着还款协议本身无效，只是债权人无法通过法律途径强制债务人履行还款义务。
协议效力角度：
- 还款协议是双方真实意思表示，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗的，自成立时生效。除非存在法定或约定的无效情形（如欺诈、胁迫、恶意串通损害国家、集体或第三人利益等），否则还款协议在约定的还款期限届满后，甚至超过诉讼时效期间后，仍然具有法律效力。只是，在超过诉讼时效期间后，债权人可能无法通过法律途径实现其债权。
实际操作建议：
- 对于债权人而言，若债务人未按约定还款，应及时向债务人催讨，并保留催讨的证据（如书面催讨通知、短信、微信聊天记录、录音等），以中断诉讼时效，重新计算三年诉讼时效期间。
- 若债务人长期未还款，且债权人担心超过诉讼时效期间，可以在诉讼时效期间内向法院提起诉讼，要求债务人还款。即使债务人暂时无力偿还，法院也可以作出判决，确认债权债务关系，为将来执行提供依据。
- 对于债务人而言，若确实无力偿还债务，可以与债权人协商延期还款或分期还款，并签订书面协议，以明确双方的权利义务关系，避免不必要的法律纠纷。
总结：还款协议约定一年还款期，一年未还，过两年后协议在法律上仍然有效。但债权人需注意诉讼时效问题，及时采取措施保护自己的权利。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。