制作毕业设计审核专用章是否违法，这主要取决于该印章的制作和使用是否符合相关法律法规的规定。

首先，我们要明确的是，任何公章的刻制都需要遵循严格的法律程序。根据《浙江省印章刻制治安管理办法》以及其他相关法律法规，公章的刻制必须取得相应的特种行业许可证，并且需要向公章刻制经营单位提供单位或者机构设立的批准文件、登记证书以及刻制公章委托函等必要材料。这些规定旨在确保公章的合法性和安全性，防止利用印章刻制进行违法犯罪活动。

对于毕业设计审核专用章，如果它是作为某个单位或机构的正式印章使用，那么它的刻制和使用就必须严格遵守上述法律法规。未经授权私自刻制或使用这样的印章，很可能构成违法行为，特别是当这种行为涉及到伪造、变造或者买卖国家机关、人民团体、企业、事业单位或者其他组织的公文、证件、证明文件、印章时，更可能触犯刑法，面临刑事处罚。

从您提供的参考信息中，我们可以看到有男子因私刻学校印章并伪造相关证明而获刑的案例。这充分说明了私刻印章并用于非法用途的严重后果。虽然毕业设计审核专用章可能并不直接涉及学校或政府机构的正式公文，但如果其制作和使用不符合法律法规，同样可能带来法律风险。

因此，我建议您在制作和使用毕业设计审核专用章时，务必确保符合相关法律法规的规定。如果您不确定如何操作，或者需要进一步的法律指导，我建议您咨询专业的法律机构或律师，以确保您的行为合法合规。

总的来说，制作毕业设计审核专用章本身并不一定违法，但关键在于其制作和使用是否符合法律法规的规定。为了避免不必要的法律风险，我建议您在操作前务必了解并遵守相关法律法规。