公司制作部门专用章是合法的，但前提是需要按照相关法律法规和公司章程的规定进行制作和使用。
首先，从法律层面来看，我国并没有明确禁止公司制作部门专用章。公司可以根据自身的经营需要和内部管理要求，制作并使用部门专用章。这种章通常用于部门内部的文件、合同等，以表明该文件的来源或经手部门，便于公司内部管理和流转。
然而，公司在制作和使用部门专用章时，需要注意以下几点：
合规性：公司应确保部门专用章的制作和使用符合相关法律法规和公司章程的规定。例如，有些地区可能要求公司在制作印章时需要向相关部门备案，或者对印章的样式、规格等有具体要求。公司应遵守这些规定，确保印章的合法性。
管理规范：公司应建立完善的印章管理制度，明确部门专用章的保管、使用、审批等流程。这有助于防止印章被滥用或盗用，维护公司的合法权益。
风险防控：公司在使用部门专用章时，应谨慎审查相关文件或合同的内容，确保符合公司的意愿和利益。同时，对于涉及重要事项或大额资金的合同，建议加盖公司公章或合同专用章，以增强法律效力和风险防范能力。
综上所述，公司制作部门专用章是合法的，但需要在制作和使用过程中遵守相关法律法规和公司章程的规定，确保印章的合规性、管理规范性和风险防控能力。如有任何疑问或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。