结论：一个公司存在仲裁案件时，理论上可以申请注销，但必须依法进行清算并妥善处理所有未了结的债务和法律责任，包括仲裁中的争议。注销并不能作为逃避仲裁责任或裁决结果的手段，否则可能面临更严重的法律后果。

法律允许公司正常注销的情况与条件

从法律规定上来说，没有明确的法律法规禁止处于仲裁程序中的公司进行注销登记。只要公司符合《公司法》及《市场主体登记管理条例》等相关法律法规规定的注销条件，即可向登记机关申请注销。这些条件包括但不限于：

1. 成立清算组：公司需成立清算组，负责清理公司财产、编制资产负债表和财产清单。
2. 通知、公告债权人：确保债权人有足够的时间申报债权，这是保护债权人权益的重要步骤。
3. 制定清算方案：清算方案需经股东会、股东大会或者人民法院确认，确保清算的公正性和合法性。
4. 清偿公司债务：按照法定顺序清偿公司债务，确保所有债务得到妥善处理，这是注销前的关键环节。

注销与仲裁程序的独立性及相互影响

公司的注销程序和仲裁程序是两个相互独立的法律程序。注销是公司按照法定程序终止其法人资格的行为，而仲裁是解决争议的一种机制。尽管两者独立，但公司在注销前必须妥善处理仲裁中的争议，否则注销可能会受到阻碍或产生不利的法律后果。

• 仲裁程序的受阻：如果公司在未经合法清算和妥善处理仲裁争议的情况下就注销，仲裁的一方主体消失，可能会使得仲裁庭难以继续审理案件，导致仲裁程序中止或终结。
• 债权债务的承担：公司注销后，其法人资格消灭，但并不意味着可以免除其在仲裁中应承担的责任。有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人，应对公司未了结的债务承担清偿责任。

恶意注销的法律后果

如果公司试图通过注销来逃避仲裁责任或裁决结果，这将被视为恶意行为。在这种情况下，公司不仅无法免除其法律责任，还可能面临更严重的法律后果，如被追究刑事责任、被列入失信被执行人名单等。此外，公司的股东或相关责任人还可能因违法清算而承担法律责任。

仲裁裁决的执行

如果公司在仲裁过程中被裁定需要承担某种责任或支付赔偿，并且该裁决已经生效，那么即使公司随后注销，相关权利人仍然可以向法院申请强制执行该裁决。法院有权采取多种措施来执行裁决，包括但不限于查封、扣押、拍卖公司财产或追索公司股东、实际控制人的个人财产以清偿债务。

操作建议与风险提示

• 建议：为避免法律风险和纠纷，公司最好在仲裁案件处理完毕后再进行注销。如果确实需要在仲裁期间注销，应当及时通知仲裁机构和对方当事人，并按照法律规定进行公告，确保各方知悉并有机会提出异议。
• 合规操作：注销公司时，必须严格按照《公司法》等法律法规的要求进行操作，包括通知债权人、进行公告、成立清算组等步骤，以确保注销程序的合法性和有效性。
• 风险防范：公司应积极面对仲裁程序，妥善处理争议，以避免可能的法律风险和经济损失。如果公司决定注销，建议在注销前进行全面的法律风险评估，确保所有法律程序的合规性。

综上所述，公司在存在仲裁案件的情况下注销需谨慎行事，确保遵守相关法律法规，妥善处理仲裁事项，以保护自身和他人的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。