关于国有土地自建房买卖双方签订合约协议是否合法的问题，这主要取决于多个因素，包括合同双方的主体资格、意思表示的真实性、标的物的合法性以及合同形式要件的合规性。下面我将逐一为您详细解释：
一、主体资格合法
买卖双方必须具备完全民事行为能力。这意味着，如果合同的一方是未成年人或精神病人，他们可能因缺乏足够的判断能力而无法签订有效的合同。因此，在签订自建房买卖合同前，请确保双方都是具备完全民事行为能力的成年人。
二、意思表示真实
合同内容必须是双方自愿协商达成的，不存在欺诈、胁迫等情形。如果卖方在签订合同时隐瞒了房屋的重大质量问题，或者买方在受到胁迫的情况下签订了合同，那么这样的合同是可以被主张撤销的。因此，在签订合同前，请务必对房屋进行详细的了解，并确保双方是在平等、自愿的基础上签订合同的。
三、标的物合法性
房屋建设合规性：自建房的建设必须符合规划许可，即持有《乡村建设规划许可证》或《建设工程规划许可证》等相关文件。如果房屋是未经批准擅自建设的，那么这样的房屋买卖合同可能会被法院认定无效。
土地性质允许交易：对于国有土地上的自建房，需要确认土地权属清晰且无抵押查封。此外，如果是农村宅基地上的自建房，其交易通常仅限于本集体经济组织成员之间。如果非本村村民购买农村宅基地自建房，这样的合同可能会因违反《土地管理法》关于集体土地不得非法转让的规定而无效。
四、形式要件合规
虽然法律并未强制要求自建房买卖合同必须公证，但为了保障双方的权益，建议签订书面合同，并明确房屋的位置、面积、价格、付款方式以及违约责任等核心条款。此外，办理产权过户登记也是保障物权效力的重要步骤。
无效情形及法律后果
如果合同存在违反土地管理法规、未取得规划审批或恶意串通损害他人权益等情形，那么这样的合同可能会被法院认定无效。无效合同的处理方式通常是房屋返还、价款退还，并由过错方赔偿损失（如装修费用等）。
风险防范建议
在签订合同前，务必核验房产证、土地证及规划文件，确保房屋和土地的合法性。
查询不动产登记信息，确认房屋权属无争议。
如果是农村房屋交易，务必核实买方的集体经济组织成员身份。
综上所述，国有土地自建房买卖双方签订合约协议在符合法定条件时是合法的。但为了确保合同的合法性和有效性，请务必在签订合同前对上述因素进行仔细核查，并在必要时咨询专业律师的意见。