核心结论：鱼塘到期改成农用地主要涉及土地用途变更管理，一般归自然资源部门（原国土资源部门）管理；赔偿问题则需根据具体情况，结合合同约定、实际损失及相关法律规定来确定。以下为详细分析：
一、管理部门
- 自然资源部门：在我国，土地的管理和规划主要由自然资源部门负责。当鱼塘到期需要改成农用地时，这涉及到土地用途的变更，因此需要向当地的自然资源部门进行申请和报批。自然资源部门会根据当地的土地利用总体规划和相关政策，对申请进行审核，并决定是否批准变更土地用途。
- 农业农村部门：虽然农业农村部门不直接管理土地用途变更，但在农用地的使用和管理方面，农业农村部门也扮演着重要角色。如果鱼塘改成农用地后，涉及到农业生产、农村土地承包等方面的问题，可能需要与农业农村部门进行沟通和协调。
二、赔偿问题
赔偿问题相对复杂，需要根据具体情况来确定。以下是一些可能涉及的赔偿方面和考虑因素：
- 合同约定：如果鱼塘的使用是通过租赁或承包等方式获得的，那么首先需要查看合同中是否有关于土地用途变更和赔偿的约定。如果合同中有明确规定，那么双方应按照合同约定来执行。
- 实际损失：如果土地用途的变更给原使用者（如鱼塘承包者）造成了实际损失，如鱼苗损失、设备折旧等，那么原使用者有权要求赔偿。赔偿金额应根据实际损失情况来确定，并可能需要通过协商、调解或诉讼等方式来解决。
- 政策规定：在某些情况下，政府可能出于公共利益的需要而要求变更土地用途。在这种情况下，政府可能会根据相关政策规定给予一定的补偿。补偿标准和方式可能因地区和政策而异，需要具体了解当地的相关政策。
- 协商与调解：在赔偿问题上，双方应首先尝试通过协商和调解来解决争议。如果协商和调解无果，那么可以考虑通过法律途径来解决。