结论前置：分公司的员工是否适用总公司的制度，主要取决于分公司的法律地位和经营资格。具体来说，如果分公司依法取得营业执照或登记证书，则员工与分公司存在劳动关系，此时是否适用总公司制度需依据分公司与总公司的内部约定及相关制度设计；若分公司未依法取得相关证照，则员工与总公司存在劳动关系，此时员工直接适用总公司的制度。
详细分析：
分公司依法取得营业执照或登记证书的情况
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法实施条例》第四条，分公司如果已经依法取得营业执照或者登记证书，那么它可以作为独立的用人单位，具备与劳动者签订劳动合同的资格。
- 制度适用：在此情况下，分公司与员工之间形成了明确的劳动关系。分公司可以制定自己的规章制度，也可以选择适用总公司的部分或全部制度。这主要取决于分公司与总公司的内部约定以及总公司的制度设计。如果总公司制度明确适用于分公司，或者分公司与总公司有相关约定，则分公司员工需适用总公司制度。
- 实际表现：许多大型企业设立的分公司，在取得营业执照后，会以自己的名义进行员工招聘、管理，并独立开展业务活动。员工直接受分公司管理，完成分公司安排的工作任务，并由分公司发放工资。在这种情况下，分公司可能会根据自身业务需要和总公司制度，制定适合本分公司的规章制度。
分公司未依法取得营业执照或登记证书的情况
- 法律依据：若分公司未依法取得营业执照或登记证书，则它不具备独立的用工主体资格。此时，分公司不能独立与劳动者签订劳动合同，而是需要受总公司的委托才能与劳动者订立劳动合同。
- 制度适用：在这种情况下，尽管员工可能在分公司工作，但实际的用人单位是总公司。因此，员工直接适用总公司的制度。员工的招聘、管理、工资发放等均由总公司负责，若员工权益受到侵害，也应由总公司承担相应责任。
- 实际关系：未取得营业执照或登记证书的分公司，通常作为总公司的业务部门或办事处存在，不具备独立的法律地位。因此，其员工的管理和制度适用均由总公司负责。
法律建议：
- 对于分公司而言，如果希望员工适用总公司制度，应在与员工签订劳动合同时明确约定，并在分公司规章制度中予以体现。同时，分公司应确保自身业务活动符合总公司制度要求，避免因制度冲突引发劳动争议。
- 对于总公司而言，应加强对分公司的制度指导和监督，确保分公司制度与总公司制度的一致性。同时，在制定总公司制度时，应充分考虑分公司的实际情况和业务需求，确保制度的合理性和可操作性。
- 对于员工而言，在与分公司或总公司签订劳动合同时，应仔细核实对方的法律地位和经营资格，明确用人单位是分公司还是总公司。同时，了解并遵守相应的规章制度，以确保自己的合法权益不受损害。
可能后果：
- 如果分公司未依法取得营业执照或登记证书，却以自己的名义与员工签订劳动合同并适用自身制度，可能面临劳动行政部门的处罚和劳动争议仲裁或诉讼的风险。
- 如果总公司制度与分公司制度存在冲突或不一致，可能导致员工对制度适用产生困惑和争议，影响公司的正常运营和员工的工作积极性。
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