结论：一般情况下，有结婚证的情况下法庭不会判决非法同居解除调解书，若出现这种情况，可能是存在特殊情形或误解，以下为你详细分析。
正常情况下的法律关系认定
在我国，合法有效的婚姻关系是以领取结婚证为标志的。一旦双方领取了结婚证，就意味着在法律上确立了夫妻关系，受到《中华人民共和国民法典》中婚姻家庭编的保护和规范。非法同居则是指男女双方未办理结婚登记而以夫妻名义共同生活，或者虽办理结婚登记但以夫妻名义共同生活的事实婚姻关系在特定情形下的认定（在1994年2月1日民政部《婚姻登记管理条例》公布实施以后，男女双方符合结婚实质要件的，人民法院应当告知其在案件受理前补办结婚登记；未补办结婚登记的，按解除同居关系处理，但这种情况与有结婚证的情况完全不同）。所以，从法律定义和常规逻辑来讲，有结婚证的夫妻关系和非法同居是相互排斥的，法庭不会在有结婚证的情况下判决非法同居解除调解书。
可能出现的特殊情况及分析
- 结婚证存在瑕疵或无效情形
- 情况说明：虽然领取了结婚证，但如果结婚证本身存在一些问题导致婚姻关系在法律上被认定为无效或可撤销，那么可能会出现类似判决。例如，一方在领取结婚证时存在欺诈、胁迫等情形，使得另一方在违背真实意愿的情况下结婚，受欺诈、胁迫的一方可以在规定时间内向法院申请撤销婚姻；或者一方在结婚时未达到法定婚龄、存在禁止结婚的亲属关系等，这些情况会导致婚姻自始无效。
- 法律后果及建议：如果是因为婚姻无效或可撤销，法庭的判决是基于对无效或可撤销婚姻关系的处理，而不是对合法婚姻关系认定为非法同居。此时，当事人可以根据法院的判决结果，按照无效婚姻或可撤销婚姻的相关规定来处理财产分割、子女抚养等问题。比如，对于无效婚姻，同居期间所得的财产，由当事人协议处理；协议不成的，由人民法院根据照顾无过错方的原则判决。对重婚导致的无效婚姻的财产处理，不得侵害合法婚姻当事人的财产权益。当事人所生的子女，适用民法典关于父母子女的规定。
- 对法律概念的理解错误或判决文书表述问题
- 情况说明：有可能是当事人对法律概念存在误解，或者法院的判决文书在表述上不够准确清晰，让当事人误以为是有结婚证还被判非法同居解除。比如，法院可能是判决解除夫妻之间的某种同居状态（例如分居期间的特定安排等），但表述上让当事人产生了歧义。
- 法律后果及建议：当事人可以仔细研读判决文书，或者向法院的承办法官进行咨询，了解判决的具体含义和依据。如果确实是判决文书表述存在问题，可以要求法院出具相关的补正裁定，以明确判决的真实意图。
后续行动建议
如果你遇到了有结婚证却被法庭判决非法同居解除调解书这种情况，不要慌张。首先，仔细查看判决文书，了解法院判决的具体内容和依据；其次，回顾自己的婚姻关系是否存在上述可能影响婚姻效力的特殊情形；最后，如果对判决结果存在疑问或异议，可以在法定的上诉期限内向上级法院提起上诉，维护自己的合法权益。
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