纪委人员确实可以在指定居所监视居住（指居）期间对被指居人员进行询问。不过，这一行为需要严格遵循法律法规的规定，并确保被指居人员的合法权益不受侵犯。以下从多个角度进行详细分析：

一、法律依据

1. 《中华人民共和国刑事诉讼法》：该法规定了指定居所监视居住的适用条件和程序，以及侦查机关在侦查阶段对犯罪嫌疑人的询问权利。纪委在调查过程中，如果涉及刑事犯罪，通常会与司法机关协作，此时询问行为会受到刑事诉讼法的规范。
2. 《中华人民共和国监察法》：该法明确了监察机关在调查职务违法和职务犯罪时的权限和程序，包括询问被调查人等措施。纪委作为党内监督机关，在调查违纪违法行为时，会依据监察法等相关党内法规进行。

二、询问的合法性与程序

1. 合法性：纪委人员在询问被指居人员时，必须出示相应的证件和法律文书，如工作证、询问通知书等，以证明其询问行为的合法性。同时，询问过程应当依法进行，不得侵犯被指居人员的合法权益。
2. 程序要求：询问应当在指定的居所内进行，且应当有至少两名纪委人员在场。询问过程中，应当制作询问笔录，并由被指居人员核对后签名确认。如果被指居人员拒绝签名，询问人员应当在笔录上注明情况。

三、被指居人员的权利保障

1. 知情权：被指居人员有权知道询问的目的、内容和相关法律规定，以便更好地维护自己的合法权益。
2. 陈述权：被指居人员有权陈述自己的意见和事实，纪委人员应当认真听取并记录在案。
3. 申辩权：如果被指居人员认为询问过程中存在违法行为或侵犯其合法权益的情况，有权向相关部门提出申辩或投诉。

四、特殊情况下的询问

1. 紧急情况：在紧急情况下，如为了防止证据灭失或避免发生其他严重后果，纪委人员可能需要在未完全遵循上述程序的情况下进行询问。但这种情况应当受到严格限制，并在事后及时补办相关手续。
2. 技术侦查措施：如果纪委在调查过程中需要采取技术侦查措施（如监听、监控等），必须依法经过严格的审批程序，并确保不侵犯被指居人员的合法权益。

五、法律后果

如果纪委人员在询问过程中违反法律法规的规定，如侵犯被指居人员的合法权益、伪造证据等，将承担相应的法律责任。同时，被指居人员也有权向相关部门提出申诉或控告，以维护自己的合法权益。

总结与建议：纪委人员在指居期间对被指居人员进行询问是合法的，但必须严格遵循法律法规的规定和程序要求。如果您或您身边的人遇到类似情况，并对此有疑问或担忧，可以直接向我咨询，我会根据具体情况为您提供专业的法律建议。