关于土地使用费是否合法的问题，结论前置如下：

1. 合法情况：在符合相关法律法规、政策规定，且程序合规、收费主体合法的情况下，土地使用费的收取是合法的。
2. 不合法情况：若缺乏法律依据、收费主体不合法、存在重复收费或违反法定程序和标准，则土地使用费的收取是不合法的。

详细分析如下：

合法情况

1. 法律法规明确规定：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关实施条例，对于农村集体土地的使用，若符合土地利用总体规划，且经过合法程序取得土地使用权，使用者需按照规定缴纳土地使用费（如土地承包费、土地流转费等）。这些费用通常用于农村公共事务和公益事业，是合法的。
   • 例如，农村集体经济组织依法预留的机动地以及荒山、荒沟、荒丘、荒滩等未利用的土地（即“四荒地”），在发包给本集体经济组织成员或其他单位和个人时，可以收取承包费。这些费用纳入村集体收入，用于公共事务和公益事业，是合法的。

2. 合同约定清晰：

   • 在土地承包或流转过程中，若双方签订了合法有效的合同，并明确约定了土地使用费的金额、支付方式等条款，那么按照合同约定收取土地使用费是合法的。
   • 例如，村民将自己承包的土地流转给其他主体经营时，转出方有权基于双方自愿、平等、有偿的原则向转入方收取合理的流转费用，即土地承包费。这种流转受法律保护，收费行为合法。

3. 法定主体合规收费：

   • 土地使用费的收取通常有明确的法定主体，如政府相关土地管理部门或经其授权的单位。只有具备法定资格的主体才能合法收取土地使用费。
   • 例如，政府为公共利益（如修建基础设施）可依法征收土地，并按照法定程序给予合理补偿。此类征收行为及其伴随的收费，在符合法律法规的前提下，视为合法。

不合法情况

1. 缺乏法律依据或政策支持：

   • 任何未经法律法规或地方政策明确授权的收费项目，均属不合法收费。依法行政和合法行政原则要求所有行政行为必须有明确的法律授权。
   • 例如，某村村委会自行决定额外收取“土地管理费”，而无相关法律依据，此收费行为不合法。

2. 收费主体不合法：

   • 如果是不具备法定资格的主体（如某个未经授权的物业公司或个人）来收取土地使用费，这种收费行为是不合法的。

3. 重复收费：

   • 若已经以其他合理的税费形式（如城镇土地使用税、土地承包费等）涵盖了对土地使用的费用征收，再额外收取土地使用费，造成重复收费，这是不符合规定的，也是不合法的。

4. 违反法定程序和标准：

   • 即使存在收取土地使用费的法律依据，但如果收取过程中未遵循法定的程序和标准（如未经批准或骗取批准非法占用土地，或者土地使用费收取未遵循法定程序），也可能构成违法行为。
   • 例如，某村未履行法定程序即直接向承包户收取机动地承包费，此收费因程序违规而不合法。

总结与建议：

• 在面对土地使用费问题时，应首先确认是否存在明确的法律依据和政策规定，并确保收费主体具备合法资格。
• 同时，应仔细审查相关合同或协议中的条款，确保收费行为符合合同约定。
• 若遇到非法收费或重复收费等情况，应及时向相关部门举报并维护自己的合法权益。如有需要，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。