针对农民工工资保证金交完但保函未交的情况，核心补救措施是尽快与相关部门沟通并补交保函，同时确保后续施工符合法规要求。以下是具体分析和操作建议：

1. 立即补交保函，避免法律风险

• 法律依据：根据《保障农民工工资支付条例》及地方实施细则，建设单位或施工单位需在工程开工前按比例缴纳工资保证金，或通过银行保函、工程担保公司保函、工程保证保险等方式替代现金缴纳。若已缴纳现金保证金但未提交保函，可能被视为未完全履行法定义务，面临行政处罚（如责令限期改正、罚款等）。
• 操作建议：
  • 联系开户银行或担保公司，尽快出具符合要求的保函（需明确担保金额、期限、受益人等关键条款）；
  • 将保函原件提交至当地人力资源社会保障行政部门或住建部门（具体受理部门以地方规定为准），并留存提交凭证。

2. 与主管部门沟通，说明情况并争取宽限

• 沟通重点：若因客观原因（如银行流程延迟、材料准备不全等）导致保函未及时提交，可向主管部门书面说明情况，承诺限期补交，并附上已缴纳保证金的凭证（如银行回单、缴费通知书等）。
• 风险提示：若未主动沟通且逾期未补交，可能被列入拖欠农民工工资“黑名单”，影响企业信用评级、招投标资格等。

3. 检查合同与地方规定，确保合规性

• 合同条款：审查施工合同中关于工资保证金缴纳方式的约定，若合同明确要求以保函形式缴纳，则需优先履行合同义务；若合同未明确，可依据地方规定选择现金或保函。
• 地方差异：部分地区对保函的出具机构、格式、有效期等有特殊要求（如要求保函不可撤销、见索即付），需提前向主管部门确认，避免因格式不符被拒收。

4. 后续施工中的合规管理

• 动态监管：工资保证金制度通常与农民工工资专用账户、实名制管理等配套措施联动，需确保后续工资发放通过专用账户，并留存考勤、工资表等记录，以备检查。
• 变更与退还：若工程提前竣工或保证金比例调整，可按程序申请保函变更或退还，但需提前与主管部门和银行沟通，避免因流程延误产生额外费用。

5. 法律责任防范

• 行政责任：若因保函未交导致农民工工资拖欠，主管部门可责令限期支付；逾期不支付的，可动用保证金或保函赔付，并对企业处以罚款。
• 刑事责任：若以虚假保函骗取施工许可或逃避工资支付义务，可能涉嫌《刑法》中的“拒不支付劳动报酬罪”，需承担刑事责任。

总结：补交保函是当前最紧迫的任务，建议立即联系银行或担保公司出具保函，并同步与主管部门沟通说明情况。若对流程或地方规定不熟悉，可进一步向我咨询具体操作细节，我会结合您的工程所在地、合同类型等提供针对性建议。