是否可以不承认电子版确认书，需分情况讨论，具体如下：

1. 若电子版确认书符合法定形式要件，一般不能随意否认
   根据《民法典》第四百六十九条，书面形式包括数据电文（如电子邮件、短信、电子签名文档等），只要电子确认书能有形地表现所载内容，并可随时调取查用（如存储在云端、服务器或本地设备），即视为符合书面形式要求。若双方此前已约定使用电子确认书（如合同中明确“电子文件与纸质文件具有同等效力”），或行业惯例允许电子确认（如电商交易中的订单确认），则其法律效力等同于纸质文件，单方否认可能构成违约。

2. 若电子确认书存在效力瑕疵，可主张不承认

   • 签名真实性存疑：若电子确认书需签名，但签名未通过可靠电子签名技术（如符合《电子签名法》第十三条的数字证书签名），或签名被篡改（如通过技术手段修改签名内容），可主张签名无效。
     
   • 内容被篡改：若电子确认书的内容在生成后被修改（如通过PS、代码篡改等），且无法通过技术手段（如哈希值校验、时间戳）证明其完整性，可主张文件不真实。
     
   • 未达成合意：若能证明电子确认书是对方单方发送（如未回复“确认”或未点击“同意”按钮），或发送时存在欺诈、胁迫等情形，可主张双方未就确认内容达成一致。
     
   • 特殊主体限制：若涉及需书面签字的特殊事项（如遗嘱、离婚协议），或法律明确规定必须纸质文件（如某些政府审批文件），电子确认书可能因形式不合法而被否认。

3. 实务建议

   • 否认前需充分举证：若想不承认电子确认书，需提供证据证明其存在上述瑕疵（如委托第三方机构鉴定电子签名、申请法院调取原始数据等）。
     
   • 及时固定证据：若怀疑电子确认书被篡改或非本人操作，应立即保存原始文件、通信记录等，避免对方删除或修改证据。
     
   • 协商或诉讼解决：若双方对电子确认书效力争议较大，可先尝试协商补充纸质文件或重新确认；协商不成，可通过诉讼或仲裁，由法院/仲裁机构根据证据规则判定其效力。

总结：电子确认书的法律效力需结合形式要件、内容真实性及双方约定综合判断，不能一概否认或承认。若您遇到具体纠纷，可提供确认书内容、签署方式等细节，我会进一步分析风险点。