小区屋顶种花是否违法，主要取决于是否获得了必要的许可、是否遵守了相关法律法规及小区管理规定，以及是否对他人或建筑安全造成了影响。以下是从不同角度对此问题的详细分析：
一、合法情况
全体业主同意且符合规定：
- 若楼顶属于全体业主共有的区域，在经过全体业主同意（如通过业主大会讨论通过），并制定了合理的楼顶使用规则，明确种植花草的范围、方式等，同时确保不存在安全隐患的情况下，楼顶种花草是合法的。
- 例如，有些小区在规划设计时可能已专门划出楼顶区域用于绿化种植，并在业主公约或物业管理规定中明确说明。若业主按照这些规定在指定区域内合理种植，同样不违法。
个人产权且无违规：
- 如果楼顶属于个人产权（如购买顶层房屋时合同明确约定楼顶归个人使用），并且个人在种植过程中严格遵守了法律法规，没有损害公共利益，也没有影响相邻关系，那么种植花草是个人合法的自主行为。
二、违法情况
未经许可占用公共区域：
- 楼顶通常被视为建筑物的共有部分，归全体业主共同所有。未经全体业主或业主大会的明确同意，私自占用楼顶进行种植，将构成擅自占用公共区域的违法行为，侵犯了其他业主的合法权益。
- 根据《物业管理条例》的相关规定，物业管理区域内的公共建筑和共用设施不得改变用途。楼顶作为共用设施，擅自用于种植违反了此规定。
破坏建筑结构或造成安全隐患：
- 在种植花草的过程中，若对楼顶原有结构进行改动，如打孔、破坏防水层等，可能导致楼顶漏水、墙体开裂等安全问题，不仅违反了相关建筑法规，还可能因造成他人财产损失而需承担法律责任。
- 例如，若种植过程中堆放的重物超过楼顶的承载能力，可能危及建筑物的安全，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，业主应遵守规定使用建筑物，不得危及安全。否则，需承担相应责任。
违反小区管理规约：
- 小区管理规约是全体业主共同制定的规则，具有约束力。如果规约中明确禁止在楼顶种植花草，那么任何违反此规定的种植行为都是不被允许的。物业有权采取管理措施，如要求整改，甚至可能引发法律纠纷。
侵犯他人权益：
- 种花过程中若导致污水渗漏至楼下邻居家，造成损坏或影响生活，将侵犯邻居的相邻权。根据《中华人民共和国民法典》关于相邻关系的规定，侵权者需承担停止侵害、排除妨碍、赔偿损失等民事责任。
三、建议与注意事项
- 了解规定：在决定楼顶种植花草前，务必了解并遵守当地的相关法律法规及小区管理规定。
- 征得同意：若是共有区域，应事先征得全体业主或业主大会的同意，并制定详细的楼顶使用规则。
- 确保安全：确保种植过程不会对建筑结构造成破坏，也不会对他人生活造成影响。可以咨询专业人士评估房屋结构安全性，确保种花不会造成超重等安全问题。
- 沟通协调：与邻居保持良好沟通，避免种花行为引发不必要的矛盾。若需搭建设施进行种植，应事先申请并获得相关许可，确保符合城市规划要求。
综上所述，小区屋顶种花的合法性取决于多个因素，包括产权归属、是否获得许可、是否遵守规定以及是否对他人或建筑安全造成影响。在进行此类活动前，建议充分了解相关规定并咨询专业人士（即我）的意见，以确保行为的合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。