人防工程由建设单位收益的法律依据及分析如下：

1. 《中华人民共和国人民防空法》的相关规定
   根据《人民防空法》第五条第二款：“人民防空工程平时由投资者使用管理，收益归投资者所有。”

   • 核心结论：若建设单位为人防工程的投资者（即出资建设方），则其依法享有平时的使用权和收益权。
     
   • 例外情形：若人防工程系政府投资或结合民用建筑修建的法定配套工程（如住宅小区配建人防车位），则收益权可能归属国家或全体业主，需结合具体投资主体和地方规定判断。

2. 《民法典》对物权归属的补充规定
   根据《民法典》第二百五十四条：“国防资产属于国家所有。”但人防工程若未被明确纳入国防资产范畴（如非军事用途），则适用一般物权规则：

   • 建设单位自主投资：人防工程作为独立物权，其收益权归建设单位所有；
     
   • 合作投资或代建模式：需按合同约定分配收益，未约定时按出资比例或实际贡献确定权属。

3. 地方性法规的细化规则
   部分地区（如北京、上海）出台细则，对人防工程收益权作进一步限制：

   • 收益用途限制：要求收益优先用于人防工程维护管理，剩余部分方可由建设单位支配；
     
   • 备案登记制度：建设单位需向人防主管部门备案使用方案，未经备案不得擅自收益；
     
   • 租金上限规定：部分城市对人防车位租金设定政府指导价，防止建设单位滥用定价权。

实务建议：

1. 核查投资主体：通过建设合同、资金流水等证据明确投资方，避免权属争议；
   
2. 审查地方规定：部分城市（如广州）要求人防工程收益按比例上缴财政，需提前合规操作；
   
3. 完善合同条款：若涉及合作开发或代建，应在协议中明确收益分配比例及违约责任；
   
4. 履行报备义务：使用前向当地人防办提交使用申请，避免因程序瑕疵导致收益被追缴。

风险提示：
若建设单位将人防工程违规改作商业用途（如开设商场），可能面临《人民防空法》第四十八条的处罚，包括警告、责令限期改正及罚款。建议在使用前咨询专业律师，确保合规性。