结论：诊所根据一人一方开药进行临方加工成膏药和水丸，是否违法需分情况讨论，主要取决于诊所是否具备相应的资质和是否遵守了相关的规定。
分析：
具备合法资质的情况：
- 如果诊所具备合法的医疗机构执业许可证，且其诊疗科目中包含了中医科或相关科目，同时诊所内的医师具备相应的中医执业资格，那么诊所根据一人一方开药进行临方加工成膏药和水丸，通常是合法的。
- 在这种情况下，诊所需要遵守相关的中医药管理法规，如《中华人民共和国中医药法》等，确保加工过程符合卫生标准，药品质量可靠，且不得超出其执业范围进行诊疗活动。
不具备合法资质或违反规定的情况：
- 如果诊所没有合法的医疗机构执业许可证，或者其诊疗科目中不包含中医科或相关科目，或者诊所内的医师不具备相应的中医执业资格，那么诊所进行临方加工成膏药和水丸的行为就可能是违法的。
- 此外，即使诊所具备合法资质，但如果其在加工过程中违反了相关的卫生标准、药品管理规定等，如使用过期或劣质的原材料、加工环境不卫生等，那么其行为也可能构成违法。
可能违反的法律法规：
- 《中华人民共和国中医药法》：该法规定了中医药的执业资格、诊疗科目、药品管理等方面的要求，诊所进行临方加工需要遵守这些规定。
- 《中华人民共和国药品管理法》：该法规定了药品的生产、经营、使用等方面的要求，诊所加工的膏药和水丸如果属于药品范畴，那么需要遵守该法的相关规定。
- 《医疗机构管理条例》：该条例规定了医疗机构的设置、登记、执业等方面的要求，诊所作为医疗机构的一种，需要遵守该条例的相关规定。
建议：
- 如果您是诊所的经营者或医师，建议您在开展临方加工业务前，先确认诊所是否具备合法的资质和相应的执业范围，并了解并遵守相关的中医药管理法规和药品管理规定。
- 如果您是患者或消费者，在选择诊所进行临方加工时，建议您先确认诊所的合法性和医师的执业资格，并了解加工过程是否符合卫生标准和药品管理规定，以保障自己的权益和安全。
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