纪委监委对上缴的贪污违法所得款项，会依法依规进行收缴、登记、保管，并最终上缴国库或按照规定处理，同时可能将案件移送司法机关追究刑事责任。具体处理流程及要点如下：

1. 收缴与登记
   纪委监委在调查过程中，若发现涉案人员存在贪污违法所得，会依法要求其上缴款项。收缴时，会详细登记款项来源、金额、上缴人信息等，并出具相关法律文书（如《收缴财物清单》），确保程序合法合规。

2. 保管与审计
   收缴的款项会由纪委监委的财务部门或指定机构妥善保管，防止挪用或流失。同时，审计部门会对款项的收缴、保管情况进行监督，确保资金安全。

3. 上缴国库或按规处理
   根据《中华人民共和国刑法》第六十四条及《中华人民共和国监察法》相关规定，贪污违法所得属于国家财产，应当依法上缴国库。纪委监委会在案件调查终结后，将款项移交财政部门，由财政部门统一处理。若款项涉及特定用途（如赃款赃物拍卖所得），可能按专项规定处理。

4. 案件移送与刑事追责
   若贪污行为构成犯罪，纪委监委在完成行政处理（如收缴款项、处分）后，会将案件移送人民检察院审查起诉。司法机关将根据犯罪情节，依法追究涉案人员的刑事责任，并可能判处罚金或没收财产，此时收缴的款项可能作为刑事判决的执行依据。

5. 特殊情形处理

   • 主动退赃：若涉案人员在调查阶段主动退还违法所得，纪委监委可能根据《中国共产党纪律处分条例》或《中华人民共和国公职人员政务处分法》相关规定，从轻或减轻处分。
     
   • 第三方持有赃款：若款项被转移至第三方（如亲属、关联企业），纪委监委会依法追缴，并可能对第三方涉嫌的掩饰、隐瞒犯罪所得罪进行调查。

建议：若您或他人涉及贪污违法所得的上缴问题，建议积极配合纪委监委调查，如实说明款项来源及去向，并咨询专业律师以了解自身权利义务及法律风险。如有进一步疑问，可直接向我提问。