杀害二级保护动物，如果构成犯罪并被法院判决有罪，是会留下案底的。以下从多个角度为你详细分析：

一、法律定义与构成要件

根据《中华人民共和国刑法》第三百四十一条的规定，非法猎捕、杀害国家重点保护的珍贵、濒危野生动物的，或者非法收购、运输、出售国家重点保护的珍贵、濒危野生动物及其制品的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金；情节严重的，处五年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；情节特别严重的，处十年以上有期徒刑，并处罚金或者没收财产。二级保护动物属于国家重点保护的珍贵、濒危野生动物范畴，因此杀害二级保护动物可能构成上述犯罪。

二、案底的形成

案底，通常指的是犯罪记录，即某人因犯罪行为被法院判决有罪后，留下的相关记录。这些记录会被保存在公安机关的档案中，并可能对个人的社会生活、职业发展等产生一定影响。如果杀害二级保护动物的行为被认定为犯罪，并被法院判决有罪，那么就会形成案底。

三、不同情况下的法律后果

1. 未构成犯罪的情况：

   • 如果杀害二级保护动物的行为情节轻微，不构成犯罪，那么通常不会留下案底。但可能会受到行政处罚，如罚款、没收违法所得、吊销相关许可证等。

2. 构成犯罪但情节较轻的情况：

   • 如果构成犯罪但情节较轻，如初犯、偶犯、认罪态度好等，法院可能会判处较轻的刑罚，如拘役、罚金等。但即便如此，仍然会留下案底。

3. 构成犯罪且情节严重的情况：

   • 如果构成犯罪且情节严重，如多次杀害、杀害数量较多、使用残忍手段等，法院可能会判处较重的刑罚，如有期徒刑等。这种情况下，案底的影响也会更加严重。

四、法律建议与后续行动

1. 增强法律意识：

   • 了解并遵守相关法律法规，不非法猎捕、杀害、收购、运输、出售国家重点保护的珍贵、濒危野生动物。

2. 积极配合调查：

   • 如果因涉嫌杀害二级保护动物而被调查，应积极配合公安机关的工作，如实陈述事实，提供相关证据。

3. 寻求法律帮助：

   • 如果面临刑事指控，应及时寻求专业律师的帮助，了解自己的权利和义务，制定合适的辩护策略。

4. 关注案底影响：

   • 如果已经留下案底，应关注其可能对个人社会生活、职业发展等方面产生的影响，并采取相应的措施进行应对和补救。

作为谭正德律师，我专注于刑事辩护和合同纠纷领域。如果你有任何关于刑事案件或侵权损害方面的法律问题，都可以直接向我咨询。我会用我的专业知识和经验，为你提供全面、准确的法律解答和建议。