在刑事案件中，若存在两个主犯，司法机关会依据各自在犯罪中所起的作用、犯罪情节等因素，分别进行定罪量刑。具体处理方式如下：

1. 定罪方面：

   • 两个主犯都会被认定为犯罪的主要实施者，承担相应的刑事责任。司法机关会详细审查每个主犯在犯罪预备、实施过程中的具体行为，比如是否提出犯意、是否组织策划、是否直接实施关键犯罪行为等，以此确定各自在犯罪中的地位和作用。例如在一个抢劫案件中，甲提出抢劫的想法并负责准备作案工具，乙积极参与抢劫行为并直接对被害人实施暴力，那么甲和乙都会被认定为主犯，但甲的犯意提出和组织策划行为，乙的直接暴力行为，都会在定罪时作为考量因素。

2. 量刑方面：

   • 根据作用大小区分：虽然都是主犯，但量刑会有所不同。对于在犯罪中起主要作用、情节更为严重的主犯，会判处相对较重的刑罚；对于起次要作用的主犯，刑罚会相对较轻。比如在共同盗窃案件中，主犯A负责入室盗窃，主犯B负责在门外望风，A直接实施了盗窃行为，对犯罪结果的发生起决定性作用，而B的望风行为虽然也是犯罪的一部分，但作用相对较小，那么在量刑时，A的刑罚通常会重于B。
   • 考虑其他量刑情节：除了在犯罪中的作用，司法机关还会综合考虑其他量刑情节，如是否有自首、立功、累犯等情节。如果其中一个主犯有自首情节，如实供述自己的罪行，可能会得到从轻或减轻处罚；而另一个主犯有累犯情节，即被判处有期徒刑以上刑罚，在刑罚执行完毕或者赦免以后，在五年以内再犯应当判处有期徒刑以上刑罚之罪的，应当从重处罚。

3. 共同犯罪中的责任承担：

   • 两个主犯需要对共同犯罪的全部后果承担责任。也就是说，即使某个主犯没有直接造成某一具体危害结果，但只要该结果是共同犯罪行为所导致的，他也要对此承担刑事责任。例如在一个故意伤害致人死亡的案件中，两个主犯共同对被害人实施伤害行为，虽然最终导致被害人死亡的关键一击不是由其中一个主犯实施的，但两个主犯都要对被害人死亡的结果承担故意伤害致人死亡的刑事责任。

4. 诉讼程序中的处理：

   • 在侦查、起诉和审判阶段，司法机关会对两个主犯分别进行调查取证、讯问等工作。在法庭审理过程中，两个主犯都有权进行辩护，法院会充分听取他们的辩护意见，保障他们的诉讼权利。同时，如果两个主犯之间存在相互指认、推诿责任等情况，法院会根据证据进行综合判断，查明事实真相。

总之，对于有两个主犯的案件，司法机关会秉持公正、公平的原则，根据每个主犯的具体情况进行定罪量刑。如果你有相关的法律问题，可以直接向我咨询。