结论：当营业执照上的主体并非被告时，处理方式需根据具体情况来定，主要包括确认被告身份、收集证据、考虑诉讼策略以及可能的法律后果等几个方面。

1. 确认被告身份

• 核实信息：首先，需要仔细核实营业执照上的信息与实际被告是否一致。如果营业执照上的主体与实际被告不符，那么需要进一步查明实际被告的身份，这可能涉及到对合同、交易记录、沟通记录等文件的审查。
• 法律主体确认：在民事诉讼中，被告必须是明确的法律主体，如自然人、法人或其他组织。如果营业执照上的主体并非实际参与交易或产生纠纷的实体，那么需要确定真正的法律主体作为被告。

2. 收集证据

• 交易记录：收集与纠纷相关的所有交易记录，包括合同、发票、付款凭证等，以证明交易的真实性和双方的权利义务。
• 沟通记录：保留与对方的所有沟通记录，如邮件、短信、微信聊天记录等，这些记录可能包含关于被告身份的重要信息。
• 证人证言：如果有目击者或了解情况的人，可以请他们提供证言，以支持你的主张。

3. 考虑诉讼策略

• 追加被告：如果发现营业执照上的主体并非实际被告，但与其他相关实体有关联，可以考虑在诉讼中追加被告，以确保所有相关方都被纳入诉讼范围。
• 变更被告：在极端情况下，如果确认营业执照上的主体完全错误，且无法追加或关联到其他实体，可能需要考虑变更被告，但这通常需要法院的许可，并可能涉及诉讼程序的重新开始。
• 利用法律程序：根据具体情况，还可以考虑利用法律程序来查明被告的真实身份，如申请法院调查取证、要求对方提供身份证明等。

4. 可能的法律后果

• 诉讼风险：如果被告身份确认错误，可能导致诉讼风险增加，如诉讼被驳回、需要重新起诉等，这都会增加时间和成本。
• 证据效力：如果收集的证据与营业执照上的主体相关，但实际被告并非该主体，那么这些证据的效力可能会受到影响，需要进一步补充或调整。
• 法律责任：如果因为被告身份确认错误而导致诉讼失败或产生其他不利后果，可能需要承担相应的法律责任，如赔偿对方因此产生的损失等。

建议：在处理此类问题时，建议尽快咨询专业律师，以便根据具体情况制定合适的诉讼策略，并确保所有法律程序都得到正确执行。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。