结论：开除员工时扣除200元赔偿是否合法，需根据具体情况判断。若用人单位合法解除劳动合同且扣除的200元属于合理费用（如员工应承担的培训费、违约金等），则可能合法；若用人单位违法解除劳动合同或扣除费用不合理，则不合法。

详细分析：

1. 合法解除劳动合同的情况：

   • 协商一致解除：若用人单位与劳动者协商一致解除劳动合同，并就扣除200元赔偿达成一致，且该扣除属于合理范围（如员工应承担的培训费用、违约金等，且符合劳动合同或公司规章制度的规定），则这种扣除是合法的。
   • 无过失性辞退：在劳动者存在特定情形（如患病或非因工负伤医疗期满后不能从事原工作也不能从事另行安排的工作等）时，用人单位可以提前通知或额外支付一个月工资后解除劳动合同，并支付经济补偿。此时，若扣除的200元与解除劳动合同的合法性无关，且不属于员工应承担的费用，则扣除不合法。
   • 经济性裁员：用人单位因特定原因（如破产重整、生产经营严重困难等）需要裁减人员时，应依法支付经济补偿。在此情况下，扣除200元赔偿同样需符合劳动合同或公司规章制度的规定，且属于合理范围。

2. 违法解除劳动合同的情况：

   • 若用人单位违反法律规定解除劳动合同，应当依照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。此时，扣除200元赔偿显然是不合法的，因为用人单位已经因违法解除而面临支付高额赔偿金的责任。

3. 扣除费用的合理性判断：

   • 扣除费用是否合理，需根据劳动合同、公司规章制度以及相关法律法规来判断。例如，若劳动合同中明确规定了员工在特定情况下需承担的费用，且该费用与解除劳动合同的合法性无关，同时扣除的金额在合理范围内，则这种扣除可能是合法的。
   • 反之，若劳动合同或公司规章制度中未规定相关费用，或扣除的费用与解除劳动合同的合法性直接相关（如以扣除费用作为解除劳动合同的条件），则这种扣除是不合法的。

法律建议：

• 对于用人单位：在解除劳动合同时，应确保解除行为的合法性，并严格按照劳动合同和公司规章制度的规定处理相关费用。若需扣除员工费用，应确保扣除的合理性，并提前与员工沟通协商。
• 对于劳动者：若认为用人单位在解除劳动合同时扣除的费用不合理或违法，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。

可能后果：

• 若用人单位违法扣除员工费用，可能面临劳动监察部门的处罚，并需向员工支付违法扣除的费用及可能的赔偿金。
• 若劳动者对扣除费用有异议并申请劳动仲裁，用人单位需承担举证责任，证明扣除费用的合法性和合理性。若无法证明，则可能面临败诉的风险。