结论：空放到期没还但支付了逾期费用，这笔逾期费用通常不能直接算作已经偿还的本金，是否算作还款需根据双方约定或法律规定来判断。以下从不同角度进行分析：
一、合同约定角度
有明确约定：如果双方在借款合同或相关协议中明确约定了逾期费用的性质、计算方式以及是否可以抵扣本金等条款，那么应当按照合同约定来处理。例如，合同中可能规定逾期费用是作为对借款人逾期还款的惩罚性费用，不抵扣本金，那么即使支付了逾期费用，本金仍然需要按照原约定偿还。
无明确约定：如果合同中没有明确约定逾期费用的性质和处理方式，那么就需要根据法律规定和交易习惯来判断。在这种情况下，逾期费用通常被视为对借款人逾期还款的一种补偿或惩罚，而不直接抵扣本金。
二、法律规定角度
逾期费用的性质：根据《中华人民共和国民法典》等相关法律法规，逾期费用通常被视为违约金或利息的一部分，其性质并不等同于本金。因此，在借款人未偿还本金的情况下，支付逾期费用并不能直接视为对本金的偿还。
还款顺序：在借款人同时存在本金、利息和逾期费用等债务时，还款的顺序通常按照法律规定的顺序或者双方约定的顺序进行。如果没有特别约定，一般按照先利息后本金的顺序进行偿还。因此，即使支付了逾期费用，也需要先用于偿还利息（如果存在），剩余部分才能用于偿还本金。
三、实际操作建议
核对合同条款：首先，借款人应仔细核对借款合同或相关协议中的条款，了解逾期费用的性质、计算方式以及是否可以抵扣本金等具体规定。
与出借人协商：如果合同中没有明确约定或者约定不明确，借款人可以与出借人进行协商，尝试达成一致意见。例如，可以协商将逾期费用部分或全部抵扣本金，以减轻还款压力。
寻求法律帮助：如果双方无法达成一致意见，借款人可以寻求专业律师的帮助，通过法律途径解决纠纷。律师可以根据具体情况提供法律意见和解决方案，帮助借款人维护自己的合法权益。
举例说明：假设借款人向出借人借款10万元，约定借款期限为一年，年利率为10%。借款到期后，借款人未能按时偿还本金和利息，但支付了5000元的逾期费用。如果合同中没有明确约定逾期费用可以抵扣本金，那么这5000元逾期费用应被视为对出借人的一种补偿或惩罚，而不直接抵扣本金。借款人仍然需要偿还10万元本金以及按照约定计算的利息。
后续行动建议：如果您面临类似情况，建议您首先核对借款合同或相关协议中的条款，了解逾期费用的具体规定。如果合同中没有明确约定或者您对此有疑问，可以与出借人进行协商或寻求专业律师的帮助。如有任何法律问题，都可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律意见和解决方案。