患者拒绝治疗知情同意书一般由医疗机构的相关部门进行保存，通常是医务部门或病案管理部门，具体保存部门可能因医院内部管理规定而有所不同。以下从不同角度为你详细分析：

从医疗机构管理角度

医疗机构为了规范医疗行为、保障医疗安全以及应对可能的医疗纠纷，会制定一系列的管理制度和流程。患者拒绝治疗知情同意书作为重要的医疗文书，记录了患者在医疗过程中的重要决策信息，对于医疗机构评估医疗风险、总结医疗经验等都具有重要意义。因此，医疗机构会指定专门的部门来负责保存这类文书。一般来说，医务部门负责医疗行为的整体管理和监督，病案管理部门则专门负责医疗文书的整理、归档和保存工作，所以患者拒绝治疗知情同意书可能会由这两个部门中的一个或共同进行保存。

从法律角度

在医疗纠纷中，患者拒绝治疗知情同意书是重要的证据之一。它能够证明医疗机构在实施医疗行为前已经向患者充分告知了相关风险和替代治疗方案，患者是在充分了解的基础上自主做出了拒绝治疗的决定。为了确保这份证据的完整性和可追溯性，医疗机构需要妥善保存。如果因保存不善导致文书丢失或损坏，在医疗纠纷中医疗机构可能会承担不利的法律后果。因此，从法律风险防范的角度来看，医疗机构也会重视患者拒绝治疗知情同意书的保存工作，并选择合适的部门进行管理。

实际操作建议

如果你作为患者或家属，需要查阅或获取患者拒绝治疗知情同意书的复印件，可以向医疗机构的相关部门提出申请。一般来说，你可以先向就诊科室的医护人员咨询该文书的保存部门，然后按照医院的规定和流程进行申请。在申请时，你可能需要提供患者的身份证明、授权委托书（如果是家属代为申请）等相关材料。

如果你在医疗纠纷中需要使用患者拒绝治疗知情同意书作为证据，但医疗机构拒绝提供或无法提供，你可以寻求法律帮助。在这种情况下，你可以向我咨询具体的法律程序和维权策略，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律建议。