结论：用人单位因劳动者给公司造成损失而扣除其工资，在一定条件下是合法的，但必须严格遵守相关法律法规和劳动合同的约定，且扣除比例和剩余工资需符合法定标准。
合法扣除的条件
存在明确约定：
- 用人单位与劳动者在劳动合同中必须有明确的条款，规定因劳动者个人原因给单位造成损失时需承担赔偿责任，以及具体的赔偿方式和金额。若劳动合同中没有相关约定，用人单位则不能随意扣除劳动者工资。
- 或者，用人单位依法制定并公示的规章制度中有类似规定，且该规章制度已经过法定程序制定并有效公示。这意味着规章制度需要经过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，并公示或告知劳动者。
损失确实由劳动者造成：
- 用人单位必须提供充分的证据，证明经济损失是由劳动者本人直接导致的。这通常包括劳动者签字确认的失误报告、违规操作记录、监控视频等。
扣除比例合规：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，每月扣除的工资部分不得超过劳动者当月工资的20%。
- 扣除后剩余的工资部分不得低于当地月最低工资标准。如果低于，则应按最低工资标准支付。具体计算公式为：扣除后工资 = 当月工资 - 赔偿金额（不超过当月工资的20%），且扣除后工资 ≥ 当地月最低工资标准。
不合法扣除的情形
缺乏依据扣工资：
- 如果劳动合同中没有相关约定，或者用人单位的规章制度未规定，或者规章制度未经法定程序制定并公示，那么用人单位不得以劳动者给公司造成损失为由随意扣工资。
超额扣除工资：
- 如果扣除的工资比例超过劳动者当月工资的20%，或者扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准，这种扣工资行为是违法的。
恶意扣除：
- 用人单位以劳动者造成损失为由恶意扣除工资，如将经营风险归咎于劳动者或为少支付经济补偿而故意克扣，均不具有合法性。
劳动者的权益保护
- 如果劳动者认为用人单位扣工资的行为不合法，首先可以尝试与用人单位协商解决，要求用人单位说明扣除的依据和合理性。
- 协商不成时，劳动者可以向当地的劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在申请劳动仲裁时，劳动者需要提供相关证据，如劳动合同、工资条、扣除工资的通知等，以证明用人单位的扣工资行为不合法。
示例说明
假设某劳动者当月工资为5000元，因个人原因给用人单位造成损失，用人单位根据劳动合同约定要求其赔偿1500元。此时，用人单位可以从劳动者工资中扣除的金额不得超过1000元（即5000元的20%），且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。如果当地月最低工资标准为2000元，那么用人单位最多只能扣除3000元（5000元 - 2000元），但实际赔偿金额为1500元，因此用人单位可以扣除1500元，并支付劳动者剩余工资3500元。
总结：用人单位在扣除劳动者工资时，必须严格遵守法律法规和劳动合同的约定，确保扣除行为的合法性。同时，劳动者也应了解自己的权益，当认为扣除行为不合法时，及时采取措施维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。