用人单位应该保存工资支付凭证至少2年的规定，主要依据是《工资支付暂行规定》第六条。以下是对这一问题的详细分析：

1. 法律规定：

   • 根据《工资支付暂行规定》第六条，用人单位必须书面记录支付劳动者工资的数额、时间、领取者的姓名以及签字，并保存两年以上备查。这一规定明确了用人单位在工资支付凭证保存方面的法定义务，即保存期限不得少于两年。

2. 法律意义：

   • 工资支付凭证的保存，不仅有助于规范用人单位的档案管理行为，确保工资支付的透明度和可追溯性，还能在发生劳动争议时，为双方提供有力的证据支持。对于劳动者而言，工资支付凭证是证明其劳动报酬支付情况的重要依据；对于用人单位而言，则是证明其已履行工资支付义务的重要凭证。

3. 与加班工资主张的关系：

   • 工资支付凭证保存期为两年的规定，并不等同于限制劳动者主张加班工资的诉讼时效。劳动者在适当的情况下，依然可以主张超过两年保存期的加班工资。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间通常为一年，但劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬（包括加班工资）发生争议的，劳动者申请仲裁不受此一年时效的限制。只有在劳动关系终止后，劳动者才需在一年内提出相关仲裁申请。

4. 实际案例与启示：

   • 在实际法律实践中，法院在处理此类案件时，会综合考虑仲裁时效、诉讼时效以及劳动者的举证情况等因素。例如，部分地方如山东省，已通过《山东省企业工资支付规定》将工资支付凭证的保存时间延长至至少15年，这进一步说明工资支付凭证的保存期与劳动者主张加班工资的诉讼时效是两个不同的概念。因此，用人单位应严格遵守相关法律法规，确保工资支付的合法性和规范性，避免因保存期限不足而引发的法律风险。

建议：

• 对于用人单位而言，应严格按照《工资支付暂行规定》的要求，保存工资支付凭证至少两年，并考虑根据地方性法规或实际需要延长保存期限。
• 对于劳动者而言，在主张加班工资时，应充分了解并考虑仲裁时效、诉讼时效以及自身的举证责任等关键因素。若工资支付凭证保存期已过，但劳动者能证明用人单位掌握加班证据而拒不提供，则用人单位需承担不利后果。

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