在纪检监察工作中，如果举报的案件在立案后发现证据不足，我们会严格按照法律规定进行处理，以确保案件的公正、公平，并充分保障被调查人的合法权益。以下是详细的处理流程：
一、调查阶段
自行补充调查：
- 当监察机关在调查过程中发现证据不足时，会立即启动补充调查程序。这包括深入询问相关证人、调取更多的书证、物证以及视听资料等，以全面、客观地收集与案件相关的所有证据。
撤销案件：
- 如果经过深入的补充调查，仍然无法收集到足够的证据来证明被调查人存在违法犯罪事实，监察机关会依法作出撤销案件的决定，并及时告知被调查人所在单位，确保程序的透明度和公正性。
二、审查起诉阶段
退回补充调查：
- 对于已经移送人民检察院审查起诉的案件，如果检察院认为证据不足，有权将案件退回监察机关进行补充调查。监察机关需要在一个月内完成补充调查，且补充调查的次数以二次为限，以确保调查的效率和效果。
不起诉决定：
- 如果经过补充侦查后，证据仍然不足以支持起诉，检察机关将依法作出不起诉的决定，这是对证据不足案件的法定处理方式，体现了对被告人权益的充分保障。
三、审判阶段
- 无罪判决：
- 如果案件进入审判阶段，法院会根据已有证据进行独立、公正的审理。如果证据不足，法院将依法作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决，这是司法公正的重要体现。
四、其他相关措施
部分事实处理：
- 在整体案件证据不足的情况下，如果其中部分违法事实的证据确凿充分，监察机关可以就该部分事实作出相应的处理，如政务处分等，以确保违法行为的得到应有的惩处。
保障被调查人权利：
- 在证据不足的情况下，监察机关会及时解除对被调查人采取的留置等强制措施，确保其合法权益不受侵害。同时，根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，人民检察院应对羁押的必要性进行审查，若认为不需要继续羁押，应建议予以释放或变更强制措施。
及时撤销或变更强制措施：
- 如果发现对犯罪嫌疑人采取的强制措施不当，监察机关或检察机关会及时撤销或变更强制措施，以确保被调查人的合法权益得到充分保障。
综上所述，纪检监察机关在处理证据不足的举报案件时，会严格按照法律规定进行，既体现了对证据的严格要求，也体现了对被告人合法权益的充分保障。这样的处理流程确保了案件的公正、公平处理，维护了司法的权威性和公信力。