您好，关于您提出的如何向政府部门申请宅基地证并证明房屋合法性的问题，这是一个涉及多个部门和步骤的流程。下面我将为您详细解答：

一、主要办理部门及其职责

1. 农村集体经济组织或村民委员会：

   • 这是您申请宅基地的第一站，您需要向所在集体经济组织（如村委会）提出宅基地用地申请，并填写相关申请表。
   • 村委会会对您的申请进行初步审核，并在本集体经济组织或村民小组内张榜公布，征求村民意见。

2. 乡（镇）人民政府（街道办事处）：

   • 您的申请经过村委会初步审核后，会报送到乡（镇）人民政府的相关部门，如农业农村办公室、自然资源和规划管理所。
   • 这些部门会对您的宅基地申请进行实质性审查，包括申请人资格、宅基地选址、面积等是否符合标准，并进行实地勘查。

3. 县级自然资源部门：

   • 乡（镇）人民政府审核通过后，会将您的申请上报到县级自然资源部门。
   • 该部门负责宅基地用地的规划审查，确保其符合土地利用总体规划和城乡规划要求，并确定宅基地的具体位置、界限等。

4. 县级农业农村部门：

   • 县级农业农村部门会审查您是否符合宅基地申请资格条件，以及宅基地使用是否符合相关农村宅基地管理规定。

5. 县级人民政府：

   • 经过上述部门的审核后，您的申请会最终报送到县级人民政府进行批准。
   • 县级人民政府拥有最终的批准权，经其批准后，您才能获得合法的宅基地使用权益。

6. 县级人民政府不动产登记机构（如国土资源局或自然资源局）：

   • 批准后，您还需要到县级不动产登记机构办理宅基地不动产权证书。
   • 该机构负责宅基地及其上房屋等不动产的登记工作，并核发宅基地使用权证等相关证件。

二、办理流程

1. 提交申请：向村委会提出申请，并填写相关申请表，提交个人身份证明、家庭户口簿、宅基地的相关证明材料以及村集体的相关意见。
2. 初步审核与公示：村委会对申请进行初步审核，并在本集体经济组织或村民小组内张榜公布，征求村民意见。若无异议，则报乡（镇）人民政府审核。
3. 实地勘查与审核：乡（镇）人民政府进行实地勘查，审核宅基地的合法性、申请人资格等。审核通过后，上报县级人民政府批准。
4. 核发证书：经县级人民政府批准后，由县级自然资源部门核发《农村宅基地批准书》及《乡村建设规划许可证》等相关证书。随后，您可到县级不动产登记机构办理宅基地不动产权证书。

三、注意事项

1. 材料准备：请确保您提交的材料齐全、真实、有效，以避免耽误办理进程。
2. 政策差异：不同地区的具体办理流程和要求可能有所不同，建议您按照当地的规定和要求进行办理。
3. 一户一宅原则：农村村民一户只能拥有一处宅基地，且宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。

综上所述，办理宅基地证并证明房屋合法性是一个涉及多个部门和步骤的复杂过程。希望以上解答能够帮助您更好地了解办理流程和要求，顺利获得宅基地使用权和不动产权证书。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。