认定持有非上市公司，主要涉及对股东身份、持股比例及相关权益的确认，核心在于证明股东与公司之间的投资关系及持股事实。具体可从以下几个角度进行认定：

1. 股东名册登记
   根据《公司法》及相关司法解释，非上市公司应当置备股东名册，记载股东的姓名或名称、出资方式、出资额及出资时间等信息。股东名册是公司确认股东身份的法定依据，若您的姓名或名称被记载于股东名册，即可初步证明您持有该公司股份。若公司未置备股东名册，可通过其他证据（如出资协议、银行转账记录等）辅助证明。

2. 出资证明文件
   股东完成出资后，公司应向其签发出资证明书，载明股东姓名、出资额、出资日期及公司盖章等内容。出资证明书是股东持有股份的直接证据，若您持有有效的出资证明书，可证明您对公司的出资事实及持股比例。若出资证明书遗失或未签发，可通过银行转账记录、验资报告等证据补强。

3. 公司章程与工商登记
   公司章程是公司设立的必备文件，需载明股东姓名或名称、出资方式及出资额等信息。若您的姓名或名称被记载于公司章程，可证明您作为股东的身份。此外，虽非上市公司无需像上市公司那样公开披露股东信息，但若公司办理了工商变更登记（如股权转让后未及时变更登记），工商档案中的股东信息也可作为认定持股的参考依据。

4. 实际行使股东权利
   股东权利包括表决权、分红权、知情权等。若您实际参与了公司股东会并行使表决权，或按持股比例领取了分红，或查阅了公司财务账簿等，均可证明您作为股东的身份及持股事实。此类实际行使权利的行为，是认定持股的重要补充证据。

5. 股权转让协议与付款凭证
   若您通过受让方式取得股份，股权转让协议及付款凭证是证明持股的关键证据。协议中应明确转让方、受让方、转让股份数量及价格等条款，付款凭证则证明您已履行付款义务。若协议未办理工商变更登记，不影响股权转让的效力，但可能影响对外公示效力。

温馨提示：若您需进一步确认持股事实或处理股权纠纷（如股权转让、股东资格确认等），可整理相关证据（如股东名册、出资证明书、公司章程、股权转让协议等），向我详细描述具体情况，我将为您分析证据效力及法律风险，并提供专业建议。