结论：女方没离婚跟现任有了孩子，现任做了亲子鉴定上户，合法配偶不一定会直接查到，但存在被合法配偶知晓的可能性，且女方的行为可能涉及法律问题。以下从不同角度进行分析：
一、关于上户与合法配偶的知情权
上户流程与信息保密：
- 亲子鉴定上户通常涉及的是孩子与现任（即生物学父亲）之间的亲子关系确认，以及基于此的户籍登记。这一过程中，主要涉及的是孩子、现任以及户籍管理部门。
- 户籍管理部门在办理上户手续时，会遵循相关的法律法规和程序，对个人信息进行保密。因此，从常规流程来看，合法配偶不会直接从上户手续中得知这一信息。
合法配偶的知情权：
- 合法配偶作为婚姻关系中的一方，对另一方的行为有一定的知情权。然而，这种知情权并非无限制的，特别是在涉及个人隐私和第三方权益的情况下。
- 如果女方没有主动告知合法配偶，且没有其他途径（如共同朋友、社交媒体等）泄露这一信息，合法配偶可能不会直接得知女方与现任有了孩子并上户的情况。
二、关于女方的法律责任
重婚罪的可能性：
- 如果女方在未离婚的情况下与现任以夫妻名义共同生活，并生育了孩子，这可能构成重婚罪。重婚罪是指有配偶而重婚的，或者明知他人有配偶而与之结婚的，处二年以下有期徒刑或者拘役。
- 即使女方没有与现任正式结婚，但如果以夫妻名义共同生活，也可能被视为事实上的重婚，从而面临法律责任。
离婚时的财产分割与子女抚养：
- 如果女方最终选择离婚，其与现任的孩子以及婚姻期间的行为可能成为离婚诉讼中的争议焦点。
- 在财产分割方面，如果女方存在过错（如重婚、与他人同居等），可能会影响其分割财产的比例。
- 在子女抚养方面，虽然非婚生子女与婚生子女享有同等的权利，但女方的行为可能影响法院对子女抚养权的判决。
三、关于合法配偶的维权途径
收集证据：
- 如果合法配偶怀疑女方存在不忠行为，可以收集相关证据，如通信记录、照片、视频等，以证明女方的过错。
提起离婚诉讼：
- 如果合法配偶决定离婚，可以依据收集到的证据向法院提起离婚诉讼，并主张相应的财产分割和子女抚养权利。
寻求法律援助：
- 在整个过程中，合法配偶可以寻求专业律师的法律援助，以确保自己的权益得到充分保护。
建议：作为婚姻关系中的一方，女方应遵守法律法规和道德规范，尊重合法配偶的权益。如果女方确实与现任有了感情并生育了孩子，应妥善处理与合法配偶的关系，避免引发不必要的法律纠纷和家庭矛盾。如果有任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律建议。