结论：在农村租用房屋做超市，若土地证显示为宅基地，其合法性需分情况讨论，具体如下：

1. 宅基地用途的法定限制
   根据《土地管理法》第六十二条，宅基地是农村村民用于建造住宅及其附属设施的集体建设用地，其用途具有严格限定性。若将宅基地房屋直接用于超市经营，属于改变土地用途的行为，原则上需依法办理土地用途变更手续（如转为商业用地），否则可能面临行政处罚（如责令限期改正、罚款）。

2. 租赁合同的效力与风险

   • 若租赁合同中明确约定房屋用于超市经营，但未取得土地用途变更批准，合同可能因违反法律强制性规定而部分无效（即关于用途的条款无效），但不影响其他条款效力。
     
   • 出租人可能因擅自改变宅基地用途被追究行政责任，承租人则可能因合同瑕疵面临经营中断、装修损失等风险。

3. 合法经营的例外情形
   若满足以下条件，可视为合法经营：

   • 当地政策允许宅基地“房地一体”流转或试点“三权分置”（所有权、资格权、使用权分离），且承租人通过合法程序取得使用权；
     
   • 超市经营属于“乡村旅游”“农村电商”等政策鼓励的业态，且已通过乡镇政府备案或审批；
     
   • 租赁合同经村委会书面同意，并报县级自然资源部门备案。

4. 实务建议

   • 核查土地性质：要求出租人提供土地证、规划许可证等文件，确认宅基地是否已合法转为商业用地；
     
   • 完善合同条款：明确约定用途变更的责任方、违约赔偿等条款，降低法律风险；
     
   • 咨询当地部门：向乡镇自然资源所或县级农业农村局确认当地政策，避免因政策差异导致违法。

总结：宅基地房屋直接用于超市经营存在法律风险，需结合土地用途变更手续、当地政策及合同约定综合判断合法性。建议操作前务必核实土地性质并履行审批程序，必要时可携带相关材料进一步向我咨询具体方案。