运输公司耽误交货期，赔偿方式主要取决于合同约定及法律规定，一般可按以下情况处理：

1. 合同有明确约定
   若运输合同中已明确约定交货时间及违约责任（如违约金比例、赔偿计算方式等），则优先按合同条款执行。例如合同约定“逾期交货每日按运费0.5%支付违约金”，运输公司需按此标准赔偿。
   注意：若违约金过高（超过实际损失30%），对方可请求法院调整；若过低，守约方可主张增加。

2. 合同未约定或约定不明
   根据《民法典》第577条，运输公司需赔偿因逾期交货导致的实际损失，包括：

   • 直接损失：如收货方因延迟产生的额外仓储费、运输费、紧急采购成本等；
     
   • 间接损失：如因延迟导致的生产停滞、销售机会丧失等，但需证明损失与逾期交货的因果关系。
     示例：若因延迟导致收货方错过销售旺季，需提供销售合同、利润证明等证据。

3. 不可抗力或免责事由
   若运输公司能证明延迟是因不可抗力（如自然灾害、战争、政府行为等）或对方过错（如未按时提供装货条件）导致，可部分或全部免责。但需及时通知对方并提供证明。

4. 赔偿限额的特殊情况

   • 若运输合同适用《海商法》或《民用航空法》，可能存在赔偿限额（如每公斤货物赔偿一定金额）；
     
   • 若运输公司已投保责任险，赔偿可能由保险公司承担，但需以保险条款为准。

建议行动步骤：

1. 立即固定证据：保存运输合同、交货单、沟通记录、损失证明等；
   
2. 书面催告运输公司履行义务，并明确赔偿要求；
   
3. 若协商无果，可向法院起诉或申请仲裁（依合同约定），主张实际损失及合理违约金。
   

如有具体合同条款或损失情况，可进一步向我说明，我会为您分析赔偿范围及策略。