证人的手机被提取证据后，在调查程序结束后且手机与案件无关的情况下，应当归还证人。以下从不同角度为你详细分析：

从法律规定角度

在我国，侦查机关在办理案件过程中，为了收集证据、查明案情，有权依法对与案件有关的物品进行扣押等措施。但这种权力并非无限制的，必须遵循法定程序和条件。根据相关法律规定，对于扣押的物品，如果经查明与案件无关的，应当在三日以内解除扣押，退还原主。手机作为证人的个人物品，如果被提取作为证据，在调查程序结束后，经确认手机本身与案件没有直接关联，那么侦查机关就应当及时将手机归还给证人。这是保障公民合法财产权益的重要体现，也是依法办案的基本要求。

从实际办案流程角度

在实际的办案流程中，侦查机关提取证人手机作为证据，通常是为了获取手机中可能存在的与案件相关的信息，比如通话记录、短信内容、聊天记录、照片、视频等。在提取这些信息后，侦查机关会对这些信息进行详细的分析和审查，以确定其与案件的关联性和证明力。如果经过审查，发现手机中的信息与案件无关，或者已经获取了足够的其他证据来证明案件事实，那么手机就没有继续扣押的必要。此时，侦查机关会按照内部的规定和程序，办理相关的退还手续，将手机归还给证人。

从例外情况角度

虽然一般情况下证人的手机在调查程序结束后且与案件无关应当归还，但也存在一些例外情况。例如，如果手机本身是作案工具或者与案件有密切的关联，即使调查程序结束，也可能不会立即归还给证人。另外，如果手机中存在一些需要进一步调查或者作为其他案件证据的信息，侦查机关也可能会暂时继续扣押手机，直到相关调查工作完成。不过，在这种情况下，侦查机关应当及时告知证人扣押的原因和期限，保障证人的知情权。

给证人的建议

如果证人的手机被提取作为证据后，长时间没有得到归还，证人可以主动与办案机关联系，了解手机扣押的原因和进展情况。如果认为手机与案件无关或者已经超过了法定的扣押期限，可以要求办案机关依法退还手机。如果办案机关拒绝退还，证人可以通过合法的途径维护自己的权益，比如向上级机关投诉或者寻求法律帮助。

总之，证人的手机被提取证据后是否归还，需要根据具体情况来判断。如果你遇到了相关问题，可以直接向我咨询，我会为你提供更详细的法律建议和帮助。