每天上班十二小时是否合法，需分情况讨论，具体如下：
标准工时制下，一般不合法
- 根据《劳动法》第三十六条，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。若用人单位安排劳动者每日工作十二小时，且未依法支付加班费或未获得劳动行政部门批准实行特殊工时制，则属于违法行为。
- 法律后果：劳动者有权要求用人单位支付加班费（工作日加班按不低于工资的150%支付，休息日加班且未补休的按不低于工资的200%支付，法定节假日加班按不低于工资的300%支付），并可能面临劳动行政部门的处罚。
特殊工时制下，可能合法
- 根据《劳动法》第三十九条，企业因生产特点不能实行标准工时制的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法，如不定时工作制或综合计算工时工作制。
- 不定时工作制：适用于因生产特点、工作特殊需要或职责范围的关系，无法按标准工作时间衡量或需要机动作业的劳动者。在此制度下，劳动者的工作时间不受每日八小时的限制，但用人单位应确保劳动者平均每日和每周的工作时间不超过法定标准工时。
- 综合计算工时工作制：适用于因工作性质特殊，需连续作业或受季节及自然条件限制的企业。在此制度下，劳动者的工作时间可以以周、月、季、年等为周期综合计算，但平均日和平均周工作时间应与法定标准工时基本相同。若综合计算周期内的总实际工作时间超过总法定标准工作时间，超出部分应视为延长工作时间，并按规定支付加班费。
- 关键点：即使实行特殊工时制，用人单位也需确保劳动者的平均工作时间不超过法定标准，且需获得劳动行政部门的批准。未经批准擅自实行特殊工时制，仍属违法行为。
加班的限制与保护
- 根据《劳动法》第四十一条，用人单位因生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过一小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过三小时，但是每月不得超过三十六小时。
- 例外情形：在发生自然灾害、事故或者因其他原因，威胁劳动者生命健康和财产安全，需要紧急处理的；生产设备、交通运输线路、公共设施发生故障，影响生产和公众利益，必须及时抢修的；法律、行政法规规定的其他情形下，用人单位可以不受上述限制延长工作时间。
建议：
- 若您发现用人单位安排您每日工作十二小时，且未依法支付加班费或未获得劳动行政部门批准实行特殊工时制，您有权向用人单位提出异议，并要求支付加班费。
- 若用人单位拒绝支付加班费或继续安排超时工作，您可以向当地劳动行政部门投诉，或依法申请劳动仲裁、提起诉讼，以维护自己的合法权益。
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