企业擅自修改工资流水可能涉及违法，但具体是否构成犯罪以及判几年，需根据修改的目的、手段及造成的后果等多方面因素综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、企业修改工资流水的合法性分析
合法修改的情形：
- 如果企业是因为系统错误、数据录入错误等合理原因，需要更正工资流水，且这种更正是在与员工充分沟通、取得员工同意的基础上进行的，那么这种修改是合法的。
- 另外，如果企业按照法定程序，如通过工会或职工代表大会讨论通过，对工资制度进行调整，并相应修改工资流水，这也是合法的。
违法修改的情形：
- 如果企业未经员工同意，擅自修改工资流水，以掩盖真实的工资支付情况，如少发、漏发工资，或者为了逃避税务、社保等法定义务，那么这种修改就是违法的。
- 特别是当企业通过伪造、变造工资流水等手段，虚构事实、隐瞒真相，以骗取财物或其他非法利益时，可能构成犯罪。
二、企业违法修改工资流水可能构成的犯罪及刑罚
诈骗罪：
- 如果企业通过修改工资流水，虚构事实、隐瞒真相，骗取员工财物（如少发工资后拒不承认），且数额较大，那么可能构成诈骗罪。
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百六十六条，诈骗公私财物，数额较大的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产。
伪造公司、企业、事业单位、人民团体印章罪（如果涉及伪造印章）：
- 如果企业在修改工资流水的过程中，伪造了公司、企业等印章，那么可能构成此罪。
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百八十条第二款，伪造公司、企业、事业单位、人民团体的印章的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处罚金。
其他犯罪：
- 如果企业修改工资流水的行为还涉及其他犯罪，如逃税罪、拒不支付劳动报酬罪等，那么将根据具体犯罪情节进行处罚。
三、法律建议
对于员工：
- 如果发现企业擅自修改了自己的工资流水，应首先与企业沟通，要求企业给出合理解释并恢复原始记录。
- 如果企业拒绝沟通或无法给出合理解释，员工可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的合法权益。
对于企业：
- 企业应严格遵守法律法规，不得擅自修改工资流水。
- 如果确实需要修改工资流水，应与员工充分沟通，取得员工同意，并按照法定程序进行。
- 企业应建立健全的工资管理制度，确保工资支付的透明度和合法性。
总结来说，企业擅自修改工资流水可能涉及违法甚至犯罪，具体是否构成犯罪以及判几年需根据多方面因素综合判断。如果你或你身边的人遇到了类似问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况给出更详细的法律建议。