若农业银行贷款协商还款后晚还了部分款项，可按以下步骤处理：

1. 立即联系农业银行说明情况
   晚还款可能涉及违约责任，但银行通常会根据实际情况灵活处理。建议第一时间通过贷款经办行、客服热线（95599）或官方APP联系银行，说明晚还款的具体原因（如资金周转问题、系统故障等），并表达积极补缴的意愿。银行可能根据协商还款协议的条款，决定是否收取逾期利息、违约金或影响征信记录。

2. 补缴欠款及可能产生的费用
   根据协商还款协议，晚还款部分可能需支付逾期利息（通常为约定利率的1.5倍）或违约金（具体比例以协议为准）。需尽快将欠款本金、利息及费用一并补缴，避免逾期时间延长导致费用增加或征信受损。若协议中明确约定了宽限期（如3-5天），可在宽限期内补缴以避免违约。

3. 确认征信记录是否受影响
   根据《征信业管理条例》，银行需如实上报贷款还款记录。若晚还款未超过协议约定的宽限期，或银行同意不视为逾期，则可能不会影响征信；若已上报逾期记录，可向银行申请开具《非恶意逾期证明》，用于后续贷款或信用卡申请时说明情况。若银行拒绝开具证明，可向当地人民银行征信中心提出异议申请，要求核查并修正记录。

4. 重新协商还款计划（如需）
   若晚还款导致经济压力进一步增大，可主动与银行协商调整还款计划（如延长还款期限、降低月供金额等）。需提供收入证明、困难证明等材料，说明当前还款能力，并承诺按新方案履行。银行可能根据实际情况同意调整，但需重新签订协议并严格遵守。

温馨提示：

• 协商还款协议是具有法律效力的合同，双方均需按约定履行。晚还款可能构成违约，但银行通常更关注借款人的还款意愿和后续行动。
  
• 日常还款建议设置自动扣款或提前1-2天手动还款，避免因疏忽导致逾期。
  
• 若对银行的处理结果有异议，可向当地银保监局投诉或通过法律途径解决。
  

如有其他细节需要进一步分析（如协商还款协议的具体条款、晚还款的具体天数等），可随时告知，我会结合实际情况为您详细解答。