结论前置：针对您提出的“股权代持，现在被代持人也是股东了怎么办”的问题，这通常意味着代持关系已经发生了变化或者代持协议的目的已经实现。以下是从不同角度给出的分析和建议。

1. 代持关系的变化与确认：

   • 代持关系终止：若被代持人（即实际出资人）现在已经成为公司登记在册的股东，这通常意味着代持关系已经终止。此时，应确认代持协议是否已经履行完毕，包括但不限于股权转让手续的完成、相关税费的缴纳等。
   • 代持协议的审查：回顾代持协议的具体条款，特别是关于代持关系终止、股权转让、违约责任等方面的约定。如果协议中有明确规定，应按照协议执行；如果协议存在模糊或未约定之处，则需要双方协商或依据相关法律法规处理。

2. 股权转让的合法性与程序：

   • 合法性审查：确保股权转让过程符合《公司法》及相关法律法规的规定，包括但不限于股东会决议、股权转让协议的签订、工商变更登记等。
   • 程序合规性：如果股权转让是通过代持协议实现的，应确保整个转让过程遵循了协议约定的程序，并且没有违反公司章程或相关法律法规的强制性规定。

3. 税务与财务处理：

   • 税务申报：股权转让可能涉及所得税、印花税等税费的缴纳。双方应确保按照税法规定及时申报并缴纳相关税费，避免税务风险。
   • 财务记录：公司应更新其股东名册和财务记录，以反映股权结构的最新变化。这有助于确保公司财务的透明度和合规性。

4. 潜在的法律风险与防范：

   • 纠纷预防：尽管被代持人已经成为股东，但双方仍应保留好代持协议及相关文件，以备不时之需。这有助于在将来可能出现的纠纷中提供证据支持。
   • 法律合规性：双方应确保整个股权转让过程符合相关法律法规的规定，避免因违法违规行为而引发的法律风险。例如，如果代持协议存在违法情形（如规避法律限制、损害第三人利益等），则可能面临被宣告无效的风险。

5. 后续行动建议：

   • 协商与沟通：如果双方对代持关系的终止或股权转让过程存在任何疑问或争议，建议首先通过协商和沟通解决。这有助于维护双方的关系并避免不必要的法律纠纷。
   • 法律咨询：如果协商无果或问题复杂，建议双方寻求专业律师的法律咨询。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和解决方案。

进一步思考：在处理股权代持及后续股权转让问题时，双方应充分考虑各种可能的风险和后果，并制定相应的防范措施。同时，保持与对方的良好沟通和合作也是解决问题的关键。如果您有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。