结论：工人凌晨五点用机器磨水泥地板是否违法，需结合具体情形判断，主要涉及噪音污染防治和施工时间规定两方面。以下从这两个角度详细分析：
一、噪音污染防治角度
根据《中华人民共和国环境噪声污染防治法》的相关规定，在居民区内进行产生环境噪声污染的施工作业，需遵守特定的时间限制，以避免对居民生活造成干扰。具体来说：
法定禁止施工时间：通常，在城市市区噪声敏感建筑物集中区域内，禁止夜间（一般指晚二十二点至晨六点之间）进行产生环境噪声污染的建筑施工作业。若工人凌晨五点进行磨水泥地板作业，且该作业产生了显著的环境噪声污染，那么这种行为很可能违反了上述规定。
特殊情况下的施工许可：当然，也存在一些特殊情况，如因生产工艺上要求或者特殊需要必须连续作业的，施工单位需事先获得县级以上人民政府或者其有关主管部门的证明，并公告附近居民。但这种情况较为特殊，且需严格履行相关手续。
二、施工时间规定角度
除了噪音污染防治方面的规定外，施工时间还可能受到其他相关法律法规或地方性规定的约束。例如：
地方性施工时间规定：不同地区可能根据当地实际情况，制定了更为具体的施工时间规定。这些规定可能进一步限制了施工活动的具体时间段，以确保居民的正常生活和休息。
物业管理规定：若施工活动发生在小区内，还需考虑物业管理方面的规定。物业公司可能根据小区实际情况，制定了更为严格的施工时间限制或噪音控制要求。
建议与措施
核实具体情况：首先，需要核实工人施工的具体时间、地点以及是否产生了显著的环境噪声污染。同时，了解当地是否有关于施工时间的特殊规定或物业管理方面的要求。
与施工单位沟通：若确认施工活动违反了相关规定或造成了干扰，建议与施工单位进行沟通，要求其调整施工时间或采取有效措施降低噪音污染。
向相关部门投诉：若沟通无果或施工单位拒绝配合，可以向当地环保部门、城管部门或物业管理部门进行投诉，请求其介入处理。
寻求法律援助：若因施工噪音污染造成了实际损害（如健康受损、财产损失等），且无法通过协商或投诉解决，可以考虑寻求法律援助，通过法律途径维护自身权益。
总结：工人凌晨五点用机器磨水泥地板是否违法，需结合具体情形判断。若该行为违反了噪音污染防治或施工时间方面的规定，且造成了实际干扰或损害，那么这种行为很可能构成违法。建议根据实际情况采取相应措施，以维护自身合法权益。如有进一步疑问或需要法律帮助，请直接向我咨询。