村干部占用集体土地并办理证件的行为属于违法行为，可通过法律途径进行维权，具体处理方式如下：

1. 确认违法事实：

   • 集体土地属于全体村民共有，任何个人未经法定程序不得私自占用。村干部占用集体土地，即使办理了相关证件，若该证件的取得存在违法违规情形（如通过贿赂、伪造材料等手段获得），则该证件自始无效。
   • 村民有权要求村干部出示相关证件，并核实其合法性。若怀疑证件的合法性，可向当地国土资源部门或相关部门申请信息公开，查询该土地的使用情况及证件办理情况。

2. 收集证据：

   • 村民应积极收集村干部占用集体土地的证据，包括但不限于现场照片、视频、证人证言、土地使用记录等。
   • 若村干部已办理证件，还需收集该证件办理过程中的违法违规证据，如行贿记录、伪造材料等（这些证据的收集可能需要借助专业机构或法律程序）。

3. 向相关部门举报：

   • 村民可向当地国土资源部门、纪检监察机关或相关部门举报村干部的违法行为。举报时应提供详细的证据材料，以便相关部门进行调查处理。
   • 相关部门在接到举报后，应依法进行调查，并根据调查结果对村干部进行相应的处理，包括撤销违法证件、恢复土地原状、追究法律责任等。

4. 提起民事诉讼或行政诉讼：

   • 若村干部的违法行为给村民造成了经济损失，村民可依法向人民法院提起民事诉讼，要求村干部赔偿损失。
   • 若村民认为相关部门在处理村干部违法行为过程中存在不作为或违法违规情形，可依法向人民法院提起行政诉讼，要求相关部门履行职责或纠正错误。

5. 加强监督与参与：

   • 村民应加强对村干部的监督，积极参与村务管理，防止类似违法行为再次发生。
   • 可通过村民大会、村民代表会议等形式，对村干部的行为进行监督和评议，确保村干部依法履职。

行动建议：

• 尽快组织村民代表会议，讨论并决定维权方案。
• 指定专人负责收集证据和与相关部门沟通。
• 保持冷静和理性，避免采取过激行为影响维权效果。

在处理此类问题时，务必保持冷静和理性，依法依规进行维权。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。