对于客车超载50%以上但不足100%的处罚，主要依据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关实施条例，具体处罚措施如下：

1. 罚款：根据法律规定，公路客运车辆载客超过额定乘员50%以上不足100%的，处1000元以上2000元以下罚款。这一罚款幅度旨在通过经济手段对违法行为进行惩戒，以维护道路交通安全。

2. 扣分：除了罚款外，驾驶员的驾驶证还会被记12分。记分制度是对驾驶员违法行为的一种累积性惩戒措施，当记分达到一定分值时，驾驶员将面临驾驶证暂扣、吊销等更严厉的处罚。

3. 其他可能的处罚：

   • 暂扣机动车驾驶证：在严重超载的情况下，公安机关交通管理部门有权暂扣驾驶员的机动车驾驶证，以强制其接受处理并反思违法行为。
   • 强制卸客转运：为了确保乘客的安全，公安机关交通管理部门可能会要求驾驶员立即安排乘客转运，并卸载超载部分，以消除安全隐患。
   • 追究刑事责任：虽然客车超载50%以上不足100%通常不直接构成刑事犯罪，但如果因超载导致严重交通事故，造成人员伤亡或财产损失，驾驶员可能面临交通肇事罪等刑事责任的追究。

在处理此类违法行为时，公安机关交通管理部门会综合考虑多种因素，如违法行为的性质、情节、后果以及驾驶员的态度等，以作出公正、合理的处罚决定。因此，作为客车驾驶员，应严格遵守道路交通安全法律法规，确保车辆不超载、不超速、不疲劳驾驶等，以维护自身和他人的生命财产安全。

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