结论：即使对方公司已经注销，在符合一定条件下您仍然可以起诉相关责任主体，但需要结合具体情况确定被告和诉讼策略。以下是具体分析：

1. 公司注销后的法律地位
   根据《公司法》及相关司法解释，公司注销意味着其法人资格终止，原则上不再作为诉讼主体。但若公司在注销时未依法清算，或存在恶意逃避债务的情形，股东、实际控制人可能需承担法律责任。此时，您可将清算义务人（如股东、董事）列为被告，要求其对公司债务承担清偿责任。

2. 未开票是否影响诉讼权利
   未开具发票属于税务合规问题，与民事债权债务的成立无直接关联。只要您能证明双方存在真实交易（如合同、付款记录、送货单等），即使未开票，仍可主张债权。税务问题可另行向税务机关举报，但不影响民事诉讼的提起。

3. 具体诉讼路径建议

   • 若公司未依法清算即注销：
     根据《公司法司法解释（二）》第18-20条，若股东未通知债权人申报债权即注销公司，债权人可要求股东在注销范围内承担赔偿责任；若存在恶意处置财产或虚假清算，股东可能需承担连带责任。
     
   • 若公司已合法清算但未清偿债务：
     需核查清算报告是否真实反映债务情况。若清算组未履行通知义务或故意隐瞒债务，您可追究清算组成员责任。
     
   • 若公司注销后存在财产继承主体：
     如公司注销后权利义务由母公司、股东或其他主体承继，可直接起诉承继主体。

4. 关键证据收集

   • 证明交易存在的证据：合同、订单、沟通记录等；
     
   • 证明对方未履行义务的证据：未开票记录、付款凭证、催款记录等；
     
   • 证明公司注销程序的证据：工商注销登记信息、清算报告等。

行动建议：

1. 立即向工商部门调取对方公司的注销档案，核查清算程序是否合法；
   
2. 整理所有交易凭证，固定债权证据；
   
3. 根据清算情况确定被告主体（股东、清算组或承继主体）；
   
4. 委托律师起草起诉状，向法院提起诉讼，同时可申请财产保全以保障执行。
   

若您需要进一步分析具体证据或诉讼策略，可直接向我提供更多细节，我会为您制定详细方案。