关于发包人逾期支付工程款的违约金问题，结论前置如下：
- 违约金数额首先依据合同约定：若合同中有明确约定，则按约定执行。
- 无约定或约定不明确时，依据实际损失和法律规定确定：此时需考虑逾期付款所造成的实际损失，并可参照相关利率标准。
详细分析：
一、有约定的情况
在建设工程施工合同中，发包人与承包人通常会就逾期支付工程款的违约金进行明确约定。这种约定是双方自愿、平等协商的结果，具有法律约束力。
- 约定方式：违约金可以约定为固定金额，如每延期一天支付一定数额的违约金；也可以约定为比例计算，如按照延期支付金额的一定比例（如万分之五）来计算。
- 调整机制：虽然合同有约定，但若约定的违约金过分高于实际损失，发包方有权请求法院或仲裁机构适当减少；反之，若约定的违约金低于实际损失，承包方有权请求增加。这一调整机制旨在平衡双方利益，确保违约金的合理性。
示例：若合同约定逾期付款需按未付款金额每日千分之一支付违约金，且实际损失未超过该标准，则在出现付款逾期时，即依此标准计算违约金。
二、无约定或约定不明确的情况
当合同未对逾期付款违约金作出明确规定，或规定不明确、无法直接计算出违约金数额时，应根据逾期付款所造成的实际损失来合理确定违约金。
- 实际损失举证：此时，守约方（通常是承包方）需承担举证责任，证明因对方逾期付款而遭受的具体损失。这可能包括资金占用损失、利息损失等。
- 参考利率标准：根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的规定，若当事人对欠付工程价款利息计付标准没有约定，应按照同期同类贷款利率或同期贷款市场报价利率（LPR）计息。这一规定可作为计算违约金的一种参考，尤其是在无法准确确定实际损失时。
计算公式示例（以利息损失为例）：
若欠付工程款为100万元，逾期时间为30天，同期贷款市场报价利率（LPR）为3.85%（年化），则利息损失（可作为违约金参考）为：
\(100万 \times (3.85\% \div 365) \times 30 \approx 3164.38元\)
三、综合考量因素
在确定违约金数额时，法院或仲裁机构会综合考虑多方面因素：
- 实际损失：违约金的主要目的是补偿守约方的损失，因此实际损失是确定违约金数额的重要依据。
- 当事人过错程度：若发包方存在故意或重大过失导致逾期付款，可能需承担更高的违约金。
- 合同履行情况：如合同已大部分履行，仅剩少量尾款未付，可能影响违约金的调整。
- 违约金性质：违约金既具有补偿性，也具有惩罚性。在确定数额时，应确保既能弥补守约方的实际损失，又能对违约方进行适度惩戒。
总结与建议：
发包人逾期支付工程款的违约金问题涉及合同约定、实际损失、法律规定等多个方面。在处理此类纠纷时，建议首先审查合同条款，明确双方的权利义务；若合同无约定或约定不明确，则需收集证据证明实际损失，并可参照相关利率标准主张违约金。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据你的具体情况提供详细的法律建议。