有醉驾案底的人员，在申请边境管理区通行证时，确实可能会受到一定限制，但并非绝对不能办理。以下从多个角度为你详细分析：

一、法律法规依据

1. 《中华人民共和国出境入境管理法》：该法规定了出境入境的条件和程序，虽然并未直接提及醉驾案底对办理边境管理区通行证的影响，但醉驾属于严重违法行为，可能影响个人的社会信用和出境入境的评估。
2. 边境管理相关规定：不同地区的边境管理机构可能根据当地实际情况，制定具体的通行证办理规定。这些规定中，往往会将有违法犯罪记录的人员列为重点审查对象，甚至可能直接限制其办理通行证。

二、实际操作中的考量

1. 审查严格程度：边境管理机构在办理通行证时，会对申请人的身份、背景、目的等进行严格审查。有醉驾案底的人员，在审查过程中可能会受到更严格的关注，甚至需要提供额外的证明材料或接受更深入的调查。
2. 个案差异：并非所有有醉驾案底的人员都无法办理边境管理区通行证。如果醉驾行为情节较轻，且申请人已经接受了相应的法律处罚，并表现出了良好的悔过态度，那么边境管理机构可能会根据具体情况，酌情考虑办理通行证。

三、建议与措施

1. 了解具体规定：在申请边境管理区通行证前，建议先了解当地边境管理机构的具体规定和要求，以便有针对性地准备申请材料。
2. 提供充分证明：如果有醉驾案底，但希望申请通行证，可以准备充分的证明材料，如法律处罚决定书、悔过书、社区矫正证明等，以证明自己已经接受了法律处罚，并表现出了良好的悔过态度。
3. 咨询专业意见：在申请过程中遇到困难或疑问，可以寻求专业律师或相关机构的帮助，以获取更具体的法律建议和指导。

最后需要强调的是，醉驾是严重的违法行为，不仅可能危及自己和他人的生命安全，还可能对个人的社会信用和未来发展产生负面影响。因此，建议大家严格遵守交通法规，切勿酒后驾车。如果你在办理边境管理区通行证过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。