结论：车辆进水后保险公司是否赔偿，需根据保险类型、事故原因及合同条款综合判断，存在“赔”与“不赔”两种可能情形。以下分情况详细说明：
一、若投保了“车损险”，且进水原因符合保险责任范围，保险公司通常需赔偿
根据《机动车商业保险示范条款（2020版）》第六条，车损险的保险责任包括“因暴雨、洪水等自然灾害导致车辆受损”。若车辆进水是因暴雨、洪水等不可抗力导致（如积水漫过底盘、车辆被淹等），且车主及时向保险公司报案、保留现场证据（如拍照、录像），保险公司需按合同约定赔偿车辆维修费用（包括发动机清洗、电路检修等）。
例外情形：若车辆进水是因车主故意涉水（如明知积水严重仍强行通过）、二次启动发动机导致损坏（如水中熄火后再次打火），根据车损险条款中的“责任免除”部分，保险公司可能拒赔。此时需车主自行承担维修费用。
二、若未投保“车损险”，或进水原因属于免责范围，保险公司通常不赔偿
若车主仅投保了“交强险”或“第三者责任险”，未投保车损险，则车辆自身损失不在保险范围内，保险公司无需赔偿。此外，若进水是因车主未尽维护义务（如未及时关闭车窗、天窗导致雨水进入）、车辆改装导致密封性下降等人为原因，保险公司也可能依据合同条款拒赔。
三、若投保了“发动机特别损失险”（附加险），发动机进水损坏可获额外赔偿
部分保险公司提供“发动机特别损失险”作为车损险的附加险，专门保障发动机进水损坏。若车主投保了该险种，即使因涉水导致发动机损坏（包括二次启动），保险公司也需赔偿。但需注意，该险种通常需额外付费，且赔偿范围以合同约定为准。
行动建议
若您有具体保险合同或事故细节，可进一步向我咨询，我会结合条款为您分析赔偿可能性。