关于公司员工违法操作时公司罚款的合法性问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况和相关法律法规进行综合分析。

一、一般情况下的不合法性

1. 法律依据的缺失：

   • 自《企业职工奖惩条例》废止后，我国法律并未明确赋予用人单位对劳动者进行罚款的权力。因此，在缺乏特定法律规定的情况下，公司对员工进行罚款通常被视为不具有合法性。

2. 公司规章制度的限制：

   • 根据《劳动合同法》的规定，公司在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，必须经过民主程序，即与职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。如果公司未经此程序制定包含罚款内容的规章制度，那么该规章制度对员工不具有约束力，依据其进行的罚款也是不合法的。
   • 此外，即使规章制度经过了民主程序，如果其中关于罚款的规定违反了法律、法规的强制性规定，如罚款数额过高、严重影响员工基本生活等，那么这些规定也是无效的，公司不能依据它们对员工进行罚款。

二、特殊情况下的合法性

1. 赔偿经济损失的合法性：
   • 有一个特殊情况需要注意，那就是当员工因本人原因给用人单位造成经济损失时，公司有权按照劳动合同的约定要求员工赔偿经济损失。在这种情况下，公司可以从员工的工资中扣除赔偿金额，但扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余的工资不得低于当地的月最低工资标准。
   • 这种情况下的扣除工资并非罚款，而是员工对单位造成的实际损失所承担的赔偿责任。它与一般的罚款性质不同，且有明确的扣除比例和底线限制。

三、员工权益保护与建议

• 如果员工认为公司的罚款行为不合法，首先可以尝试与公司进行协商解决。如果协商不成，员工可以向当地的劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
• 对于公司而言，为了合法、合理地管理员工，建议建立完善的规章制度，明确可罚款的情形（如果确实需要）、标准和程序，并确保这些规章制度不违反法律法规的强制性规定。同时，公司应加强与员工之间的沟通和交流，确保员工了解公司的规章制度和罚款政策，并定期对员工进行培训和教育，提高员工的法律意识和合规意识。

综上所述，公司对员工违法操作时的罚款行为并非一概而论地合法或不合法，而是需要根据具体情况和相关法律法规进行综合分析。在大多数情况下，由于法律未赋予公司罚款权力，且公司规章制度制定程序和内容需严格遵守法律规定，因此罚款行为往往被视为不合法。但在特定情况下（如员工因个人原因给公司造成经济损失），公司有权要求员工赔偿损失，并从其工资中合理扣除。