签订了特殊约定，若违反该约定需要赔偿的条款，在符合法律规定的情况下是有效的。以下从不同角度进行详细分析：
一、合同自由原则与特殊约定的有效性
合同自由原则：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同双方当事人在平等、自愿的基础上，有权自由约定合同的内容，包括违约责任和赔偿方式。这意味着，只要双方意思表示真实，且不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，特殊约定就是有效的。
特殊约定的有效性：特殊约定，如违约金条款、赔偿损失条款等，是合同双方为了保障合同履行、明确违约责任而设定的。只要这些约定符合合同自由原则，且没有违反法律的强制性规定，它们就是有效的，并对双方具有法律约束力。
二、特殊约定违反时的赔偿问题
违约金条款：如果合同中明确约定了违约金条款，当一方违反合同约定时，另一方有权要求违约方按照约定支付违约金。违约金的数额应当合理，既不过高也不过低，以体现公平原则。如果违约金过高或过低，当事人可以请求人民法院或仲裁机构予以调整。
赔偿损失条款：除了违约金外，合同中还可以约定赔偿损失条款。当一方违反合同约定给另一方造成损失时，违约方应当赔偿受损方的实际损失。这种赔偿通常包括直接损失和间接损失，但应当以可预见的损失为限。
实际履行与赔偿损失的选择：在某些情况下，受损方可能更希望违约方实际履行合同义务，而不是仅仅获得赔偿。根据法律规定，受损方有权选择要求违约方实际履行合同或赔偿损失。但需要注意的是，如果实际履行已经不可能或没有意义，受损方则应当选择要求赔偿损失。
三、特殊约定违反时赔偿的注意事项
证据收集：当一方违反合同约定时，另一方应当及时收集证据，以证明违约方的违约行为和自己的损失情况。这些证据可能包括合同文本、交易记录、通信记录、证人证言等。
及时主张权利：受损方应当在知道或应当知道违约行为发生后，及时向违约方主张权利。如果受损方怠于行使权利，可能会导致诉讼时效的经过，从而丧失胜诉权。
合理确定赔偿数额：在主张赔偿时，受损方应当合理确定赔偿数额。如果赔偿数额过高或过低，都可能影响法院的判决结果。因此，受损方应当根据实际情况和法律规定，合理确定赔偿数额。
总结与建议：签订了特殊约定后，若违反该约定需要赔偿的条款在符合法律规定的情况下是有效的。在合同履行过程中，双方应当严格遵守合同约定，避免违约行为的发生。如果一方确实违反了合同约定，另一方应当及时收集证据、主张权利，并合理确定赔偿数额。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。