结论：违法用地当事人主动整改后，是否还要进行行政处罚，需根据具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：
主动整改对行政处罚的影响
- 减轻或免除处罚的可能性：根据《行政处罚法》的相关规定，当事人主动消除或者减轻违法行为危害后果的，行政机关应当依法从轻或者减轻行政处罚。在违法用地的情况下，如果当事人能够主动整改，如停止违法用地行为、恢复土地原状等，这通常被视为减轻违法行为危害后果的表现，因此有可能获得从轻或减轻处罚的待遇。
- 不免除处罚的情形：然而，主动整改并不意味着一定可以免除行政处罚。如果违法用地行为已经造成了严重的后果，或者当事人存在多次违法用地等恶劣情节，即使主动整改，行政机关也可能依法给予行政处罚。
行政处罚的法定条件
- 违法行为的存在：行政处罚的前提是存在违法行为。在违法用地的情况下，如果当事人确实存在未经批准擅自占用土地、改变土地用途等违法行为，那么行政机关就有权依法进行处罚。
- 处罚的合法性与合理性：行政机关在作出行政处罚决定时，必须遵循合法、合理、公正的原则。这意味着处罚必须基于明确的法律依据，且处罚的幅度应当与违法行为的性质、情节以及社会危害程度相适应。
具体案例分析
- 案例一：假设某企业未经批准擅自占用了一块农用地用于建设厂房。在行政机关介入调查后，该企业迅速拆除了违法建筑，恢复了土地原状，并主动向行政机关提交了整改报告。在这种情况下，由于企业主动消除了违法行为危害后果，行政机关可能会依法从轻或减轻处罚。
- 案例二：另一家企业同样未经批准擅自占用了土地，但其在行政机关介入调查后并未立即整改，而是继续违法用地行为。即使后来在行政机关的强制要求下进行了整改，但由于其违法行为已经造成了较严重的后果，且存在故意拖延整改的情节，行政机关可能仍然会依法给予较重的行政处罚。
法律建议：
- 对于违法用地当事人而言，主动整改是减轻或避免行政处罚的重要途径。一旦发现违法用地行为，应立即停止并尽快进行整改，以减轻违法行为的危害后果。
- 同时，当事人也应积极配合行政机关的调查工作，如实提供相关证据和信息，以便行政机关能够准确判断违法行为的性质、情节以及社会危害程度，从而作出公正、合理的处罚决定。
后续行动建议：
- 如果您或您身边的人遇到了违法用地的问题，并担心可能面临行政处罚，建议及时咨询专业律师（即我，张云鹏律师），以便根据具体情况制定合适的应对策略。
- 在整改过程中，务必确保整改措施符合相关法律法规的要求，避免因整改不当而引发新的法律问题。