结论：亲子鉴定机构本身不违法，但具体行为是否合法需视情况而定，包括鉴定程序是否合法、样本来源是否合法以及是否侵犯他人权益等。
详细分析：
鉴定机构的合法性：
- 亲子鉴定机构作为提供专业鉴定服务的机构，只要其具备合法的资质和认证，按照相关法律法规进行运营，其存在和提供服务本身是不违法的。
- 正规的亲子鉴定机构会遵循严格的鉴定流程和标准，确保鉴定结果的准确性和可靠性。
鉴定程序的合法性：
- 在进行亲子鉴定时，必须遵循法定的程序和规则。例如，在司法程序中，亲子鉴定通常需要法院的指定或委托，且鉴定过程需要公开透明，确保双方的知情权和参与权。
- 如果亲子鉴定是私下进行的，且未遵循法定程序，那么这样的鉴定结果在司法程序中可能不被采信，甚至可能因程序违法而引发法律纠纷。
样本来源的合法性：
- 亲子鉴定的样本来源必须合法，不能通过暴力、胁迫等非法方式获取。如果样本来源不合法，那么整个鉴定过程就是违法的，鉴定结果也将无效。
- 在进行亲子鉴定时，应确保所有参与者的知情同意，特别是未成年人的监护人同意，以保护其合法权益。
是否侵犯他人权益：
- 亲子鉴定可能涉及个人隐私和家庭关系，因此在进行鉴定时必须谨慎处理，避免侵犯他人的合法权益。
- 如果亲子鉴定是未经被测者同意或授权私自进行的，那么可能侵犯其隐私权，甚至可能引发法律纠纷和伦理道德争议。
法律建议：
- 在进行亲子鉴定前，应确保有合理的怀疑或争议，并尽可能获得被测者的同意或授权。
- 选择具有合法资质和良好信誉的鉴定机构进行鉴定，以确保鉴定结果的准确性和可靠性。
- 如果亲子鉴定涉及司法程序，应遵循法院的指定或委托，并确保鉴定过程公开透明。
- 理性对待鉴定结果，避免盲目行动或过激反应，妥善处理可能对家庭关系产生的影响。
可能后果：
- 如果亲子鉴定机构或个人违反法律法规进行鉴定，可能面临法律责任，包括行政处罚、民事赔偿甚至刑事追责。
- 未经同意或授权的亲子鉴定可能破坏家庭信任与和谐，导致家庭矛盾升级，甚至引发法律纠纷和伦理道德争议。
如有任何关于亲子鉴定或婚姻家庭方面的法律问题，欢迎直接向我咨询。