核心结论：工程占用农田回填土后不长庄稼的赔偿问题，需根据具体原因确定责任主体，再依据法律规定主张赔偿。以下分情况说明：

1. 若因回填土质量不合格导致无法耕种

• 责任主体：施工单位或建设单位（若其直接负责回填）。
• 赔偿依据：
  • 根据《民法典》第1258条，因施工造成他人损害的，应承担侵权责任。
  • 若回填土含建筑垃圾、重金属等有害物质，导致土壤污染或板结，施工单位需赔偿土地修复费用及农民的直接损失（如预期收益）。
• 赔偿范围：
  • 土地修复费用（如换土、改良土壤）；
  • 当年及未来几年的农作物收益损失（需评估产值）；
  • 若长期无法耕种，可主张土地使用权价值损失（需专业评估）。

2. 若因工程占用导致灌溉、排水系统破坏

• 责任主体：施工单位或建设单位（若其未恢复原状）。
• 赔偿依据：
  • 根据《土地管理法》第75条，占用耕地破坏种植条件的，需限期改正或缴纳土地复垦费。
  • 若因施工切断水源或堵塞排水，导致农田无法耕种，施工单位需赔偿修复费用及收益损失。
• 赔偿范围：
  • 修复灌溉/排水系统的费用；
  • 因缺水或内涝导致的农作物减产或绝收损失。

3. 若因土地征收程序违法导致补偿未到位

• 责任主体：征收部门（如政府或其委托单位）。
• 赔偿依据：
  • 根据《土地管理法》第48条，征收土地应给予公平、合理的补偿，包括土地补偿费、安置补助费及地上附着物和青苗补偿费。
  • 若回填土后土地无法耕种，且征收补偿未涵盖此部分损失，农民可主张补充赔偿。
• 赔偿范围：
  • 土地补偿费（按当地征收标准）；
  • 未来收益损失（如土地被占用期间无法耕种的损失）；
  • 土地改良费用（若需恢复耕种条件）。

行动建议

1. 固定证据：
   • 拍摄现场照片、视频，证明回填土质量或灌溉系统问题；
   • 保存农作物减产或绝收的记录（如购买种子、化肥的凭证）；
   • 收集土地征收文件（如征收公告、补偿协议）。
2. 协商或投诉：
   • 先与施工单位、建设单位或征收部门协商赔偿；
   • 若协商无果，可向当地自然资源部门（原国土部门）或农业农村部门投诉。
3. 法律途径：
   • 委托专业机构评估损失（如农业技术推广中心、土地评估机构）；
   • 向法院提起民事诉讼或行政诉讼（针对违法征收），主张赔偿。

提示：赔偿金额需结合当地经济水平、土地质量、农作物种类等因素综合评估，建议尽快行动以避免证据灭失或超过诉讼时效。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程。