针对您孩子在学校腿摔断，已自行通过医保治疗，但后续发现存在第三方责任的情况，以下是我为您提供的详细解答和建议：
一、法律基础与原则
根据《中华人民共和国社会保险法》第三十条的规定，存在第三人负担医疗费用时，基本医疗保险基金不予以支付。若医疗费用依法应当由第三人负担，而第三人不支付或者无法确定第三人的，基本医疗保险基金可以先行支付，但先行支付后有权向第三人追偿。这意味着，如果孩子的医疗费用本应由第三方承担，那么这部分费用是不应该通过医保报销的。
二、已报销医疗费用的处理
主动退回报销费用：
- 既然您已经发现存在第三方责任，那么首先应当主动向社会保险机构退回报销的医疗费用。这是遵循诚实信用原则的表现，也是避免后续法律纠纷的重要步骤。
保留相关证据：
- 在退回报销费用的同时，务必保留好所有与医疗费用相关的票据、报销凭证以及监控录像等证据。这些证据将在后续向第三方追偿时起到关键作用。
三、向第三方追偿的步骤
确定第三方责任：
- 通过查看监控录像、询问目击者等方式，明确第三方的身份和责任。如果学校在此事件中存在管理疏忽或未尽到安全保障义务，学校也可能需要承担一定的责任。
协商与调解：
- 在确定第三方责任后，可以尝试与第三方进行协商，寻求和解或调解。如果双方能够达成一致意见，可以签订书面协议，明确赔偿金额和支付方式。
提起诉讼：
- 如果协商或调解无果，您可以向人民法院提起诉讼，要求第三方承担赔偿责任。在诉讼过程中，您需要提供充分的证据来证明第三方的责任以及孩子的医疗费用等损失。
四、诉讼过程中的注意事项
明确诉讼请求：
- 在提起诉讼时，要明确诉讼请求，包括要求第三方赔偿的医疗费用、误工费、护理费等具体金额。
遵循法律程序：
- 严格按照法律程序进行诉讼，包括提交起诉状、参加庭审、提供证据等。如果需要法律援助或代理，可以寻求专业律师的帮助。
关注诉讼时效：
- 注意诉讼时效的问题，确保在法定的诉讼时效期间内提起诉讼。一般来说，人身损害赔偿的诉讼时效期间为三年。
五、后续建议
加强安全教育：
- 无论结果如何，都应加强对孩子的安全教育，提高他们的自我保护意识和能力。
关注学校安全措施：
- 与学校沟通，了解学校在安全管理方面的措施和改进情况，确保类似事件不再发生。
希望以上解答和建议能对您有所帮助。如果您在后续过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时咨询专业律师或相关机构。