结论：在双方都有确权证但在确权前存在纠纷的情况下，处理方式需根据纠纷的具体性质、确权证的合法性及有效性等多方面因素综合考量。以下是从不同角度给出的详细分析和建议。
一、纠纷性质与确权证合法性审查
纠纷性质：
- 首先，需要明确纠纷的具体性质，是权属争议、合同违约还是其他类型的纠纷。这有助于确定后续的法律适用和解决策略。
确权证合法性：
- 审查双方确权证的合法性及有效性。如果确权证存在瑕疵，如颁发程序违法、内容不真实等，那么该确权证可能不具备法律效力，无法作为权属的最终依据。
- 若确权证合法有效，但双方在确权前存在纠纷，这可能意味着确权过程可能未充分考虑或解决这些纠纷，此时需要进一步分析确权证与纠纷之间的关系。
二、法律途径解决纠纷
协商调解：
- 在纠纷初期，双方可以尝试通过协商调解的方式解决争议。这有助于节省时间和成本，同时维护双方的关系。
- 协商调解时，可以邀请第三方机构或专业人士参与，以确保调解的公正性和有效性。
行政复议或诉讼：
- 如果协商调解无果，双方可以考虑通过行政复议或诉讼的方式解决纠纷。
- 行政复议：如果确权证是由行政机关颁发的，且双方对行政机关的颁发行为有异议，可以申请行政复议。
- 诉讼：双方也可以直接向法院提起诉讼，请求法院对纠纷进行裁决。在诉讼过程中，法院将审查确权证的合法性、纠纷的性质及双方的主张，并作出最终判决。
三、确权证与纠纷处理的关系
确权证作为证据：
- 在纠纷处理过程中，确权证可以作为重要的证据之一。然而，其证明力需根据具体情况进行评估。
- 如果确权证存在瑕疵或争议，法院可能不会完全采纳其作为权属的最终依据。
纠纷解决对确权证的影响：
- 纠纷的解决可能对确权证的效力产生影响。例如，如果法院判决确权证无效或需要重新颁发，那么原确权证将失去法律效力。
- 因此，在处理纠纷时，双方应充分考虑确权证的效力及可能的变化，以便制定合理的解决策略。
四、建议与注意事项
保留证据：
- 双方应妥善保留与纠纷相关的所有证据，包括确权证、合同、交易记录、沟通记录等。这些证据将在后续的法律程序中发挥重要作用。
寻求专业法律帮助：
- 由于纠纷涉及法律专业知识和程序，建议双方寻求专业律师的帮助。律师将能够提供专业的法律意见和策略，帮助双方更好地维护自己的权益。
遵守法律程序：
- 在处理纠纷时，双方应严格遵守法律程序和规定。任何违反法律程序的行为都可能导致不利后果，甚至影响纠纷的最终解决。
进一步思考：在处理此类纠纷时，除了考虑法律途径外，双方还可以思考是否有其他非法律途径可以解决争议，如通过行业组织、仲裁机构等。同时，双方也应反思纠纷产生的原因，以便在未来避免类似纠纷的发生。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。